首批武漢包機返台的乘客，被分配到三區獨立檢疫所隔離14天，並每天測量體溫做好防疫。不過其中卻有一名台商抱怨，滯留在武漢期間已自主隔離10多天，回到台灣卻好像被當作犯人，「好像被監禁的感覺」。不過，隔離者在領便當或丟垃圾時，仍可自由進出，為避免接觸造成群聚感染，衛福部也回應將統一送餐流程。
據東森新聞報導，有台商在檢疫所隔離期間拍攝影片紀錄，隔離房間採光良好，房內有床鋪、電視、窗戶及陽台，廁所也附設在房間裡面。但有隔離者卻抱怨，「我們都在武漢自主隔離了10多天，然後回到台灣好像被當作犯人，好像被監禁的感覺。」
隔離者被要求每天自主量體溫，一天要登記早晚2次，只要走出房間都需要戴上口罩。此外，宿舍每一樓層都單獨封閉，無法跨越樓層，包含送餐和清理垃圾等，都要隔離者前往公共客廳領取和棄置，再由防疫人員處理。
由於活動範圍小，加上可以自由進出房間，若隔離者當中有武漢肺炎潛伏者，恐怕會造成群聚感染。對此，衛福部醫福會執行長王必勝回應，會根據送餐部分做檢討，統一各檢疫所的流程，盡量減少隔離者接觸的機會。
因應武漢肺炎疫情，疾管署持續加強疫情監測與邊境管制措施，
如有疑似症狀，請撥打：1922專線，或 0800-001922，
並依指示配戴口罩儘速就醫，同時主動告知醫師旅遊史及接觸史，以利及時診斷及通報。
＊疾管署提醒民眾謹記「一不三要」戴口罩原則：
「一不」：開放空間不用戴口罩
「三要」：慢性疾病患者、有呼吸道症狀者、進出醫院者要戴口罩
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