國人每年要吃掉100億元以上的抗生素，不過長期服用可能會有潛在性的風險，根據《歐洲心臟期刊》的一篇最新研究，長期服用抗生素的年長女性患心臟病和中風的風險相對較高，不過國內醫師認為，研究沒有指出兩者有直接性的因果關係，不須過度恐慌。
根據美國營養學教授祁祿，今年四月發表在《歐洲心臟期刊》的最新研究，每1000名服用抗生素超過兩個月的女性，有6名發生心臟或動脈損害的情形，相較於未服用的女性，多了兩倍之多。
陽明大學藥理學教授潘懷宗：「抗生素會殺死非常多的細菌，那殺死之後(腸道)那邊的菌表現就會改變，改變之後就會發現有些平常比較頑抗的菌沒有被抗生素殺死的，這時候它壞菌產生多了就產生非常多的毒素，那麼這些毒素就會跑進血管裡面，就可以造成血管壁的增厚，甚至長期發炎會造成血管壁的破壞。」
心臟內科醫師林謂文：「那其實我們也可以這樣解釋說，如果你長期使用抗生素代表說你身體常常會受到一些感染，你可能本身有一些免疫方面的問題，或是有一些容易感染的問題像是三高的族群或是年紀大的族群，這一類的族群本身就是心血管疾病高風險的族群。」
雖然累積使用抗生素和心血管疾病呈現正相關，但國內醫師認為，研究並不知道參與者使用哪一種抗生素，也沒有指出兩者有直接性的因果關係，不需要過度恐慌。
小兒科醫師林應然：「短期內只是會使這種正常菌發生變化沒錯，可是我們抗生素不是吃一輩子，我們吃了幾天之後，這幾天你不吃了以後，腸道內的細菌又會恢復到正常，所以這個變化幾天的變化說要引起心血管的變化其實這個關聯不是那麼大，其實你如果該用抗生素還是要用，因為抗生素通常是用來殺死細菌的，如果你不好好吃抗生素，可能也會因為細菌感染而死掉。」
記者李頂立：「由於抗生素是屬於處方用藥，因此民眾是沒有辦法自行購買的，來到藥局裡面必須要帶著醫師開的處方籤向藥師領藥，不過實際上在使用的時候有什麼要特別注意的地方，我們來聽聽藥師怎麼說。」
藥師江明洋：「抗生素比較常見到的副作用是腹瀉，吃抗生素的期間最好不要併服益生菌，因為益生菌吃下去之後也一樣會被抗生素無條件的全部殺光。」
而像是治療青春痘常見的四環黴素等抗生素，屬於酸性具有侵蝕性，藥師警告，這類藥物盡量避免乾吞，服藥完最好也在30分鐘後再躺下睡覺。
藥師江明洋：「我今天吞一個膠囊，還沒有到胃裡面我就直接去睡覺，那個膠囊就會停在我們的食道上面，一來也會造成我們的食道(潰瘍)受傷，二來也不會讓這顆藥物發揮到它應該發揮的效果。這類藥也不能跟金屬合併，比如說像牛奶裡面含鈣，菠菜裡面含鐵，這一類的抗生素只要跟這種金屬物質碰在一起的話，其實這個藥就會失去它的效果。」
抗生素並非陣痛消炎藥，主要用來對抗細菌感染以及產生的發炎，因此需要醫師的專業判斷。民眾使用上必須遵循三不原則，也就是不自行購買，求診時不主動要求，療程期間不隨便停藥，才能讓真正達到治療效果而不對身體造成不必要的負擔。
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