雖然針對乘客及機車，沒有明確的搭乘規範，但為了防止受到其他船隻影響，造成危險，旗津渡輪航行時，還是有特殊安全規範，像是離岸或靠岸時，都會先廣播提醒乘客注意，另外航行時速度最高三節，時速約五公里，而看到大型貨輪或漁船靠近，還得保持約一百公尺距離，避免受到船隻產的浪影響，另外船上還有雷達可以監控附近每一艘船，就是要避免彼此相互影響。
記者vs.船長:「所以現在要行駛了嗎，對，現在要開船了。」
旗津渡輪先廣播，提醒大家注意安全，接著船長就要啟航，將鼓山渡輪站的遊客，送往對岸旗津，不過才剛出發，就看到前方的小漁船從眼前經過。
記者vs.船長：「喔，他開這麼快喔，對呀最怕他這個衝過去，渡輪我們剛好要靠岸，很難應變。」
仔細看類似這種近海漁船，速度有如快艇，一經過後方立刻拖行長長的水花，而波浪更是一波波往外擴散，這時渡輪船長乾脆停船，因為根據高雄港的避風規則，距離前方的船隻，至少要有四到五個船身，約一百公尺，要是遇到大型輪船，還得注意對方的行駛方向。
船長：「要保持安全距離，還要看它的相對方位，像現在變化很大就是很安全。」
如果晚上視線不佳，渡輪上還配有雷達，除了顯示渡輪本身，周圍船隻也都無所遁形，可以保持適當距離，另外遇到其他渡輪，還得保持距離，隨時用無線電掌握狀況。
船長vs.其他船長：「你需要載人跟載車嗎，正確正確，好，了解了。」
引導其他船隻離開碼頭，渡輪才能順利靠岸，雖然旗津渡輪每年航行將近一萬三千班次，好幾年才出現一起受傷案例，但只要航線上有其他船隻經過，還是難倒意外發生，乘客仍得提高自身警覺。
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