總統大選廢票高達33萬張，引發連宋陣營質疑，而選務人員認為，廢票增多，可能是總統副總統選舉罷免法修正後，所有蓋在圈選欄外的都被認定為廢票有關。由於對有效票的從嚴認定，因此國親爭執的廢票太多問題，可能無助於選票的變化。
揮舞著國旗，高聲吶喊，連宋陣營號召支持者，要求重新驗票，而最受注目的，就是33萬的廢票，廢票比例怎麼會這麼高，票務人員說分明。投開票所監察員張木祥：「今年的認定比較嚴格，以前只要在框框裡就隨便都可以，可是今年只要超過框框就不行。」
原來是法務部為了避免民眾用選票蓋特定位置，領取賄選金，向立院提出選罷法修正草案，去年十月三讀通過，認為只要是蓋在圈選欄外，或是不能辨別為哪一組，就算是廢票。
也就是說有效票的認定，必須是圈選在圈選欄內，蓋在裡頭，或沾到邊的都算有效票。如果像以往是在蓋候選人的名字上，照片上則會則會被歸類為無效票。
廢票的標準從嚴，會不會對雙方造成不同的影響，中選會公佈各縣市廢票比例來看，比例最高的前五名分別為雲林、金門、嘉義、彰化、宜蘭，藍綠陣營執政縣市都有。
另外在開票時，投開票所的監察員，藍綠陣營各有代表，廢票的認定，來自雙方的共識。因此除非再透過修法，否則驗33萬張的廢票，可能無助於選票的增加或減少。
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