最近越來越多業者推動植物工廠，標榜採用水耕種植，能夠做到蔬菜無農藥和低菌數，但是網路上還是有寫手發文抨擊，認為水耕種植並不是使用有機肥，而是使用化肥，而且硝酸鹽的含量並不如業者宣稱的這麼低。學者認為，這樣的說法都是誤解，因為植物工廠本來就不是有機種植，但只要控制好光線照射的時間，就可以有效降低植物體內的硝酸鹽含量。
穿上防塵衣，戴口罩，研發人員正在採收水耕蔬菜。這樣的波士頓萵苣適合的生長溫度，大約是20度到25度。原本在台灣主要是冬季的蔬菜，現在藉由植物工廠的機制，可以不受季節限制生產。
有機超市店長俞禾青：「這個的話就在環控，因為我們整個的種植過程其實是在一個密閉的空間，全環控的一個環境控制它的溫度濕度，讓蔬菜的成長是非常地安心，所以它其實是你把根部切掉，保留葉菜上面，那上面是完全不受任何污染的。」
就因為可以做到24小時環控，植物工廠擁有克服天候氣候產能高的優點，像是台北另外一個植物工廠業者，整排的冰花來自非洲，原本想要吃到只能進口，現在都可以在植物工廠生產。
植物工廠業者羅信沂：「我們是希望能跟當地農業做互補，而不是跟當地農業做競爭，所以我們公司在我們的產出裡面其實看不太到小白菜、青江菜、空心菜，其實在我們台灣市場就可以看得到的品種，我們希望盡可能地是以取代所謂的進口為原則。」
不過現在卻有公民寫手在網路上發文質疑，部分植物工廠標榜低硝酸鹽，實際上硝酸鹽還是維持在保持在2000ppm。
植物工廠業者羅信沂：「那植物是以硝酸鹽的型態做囤積，在白天行光合作用的時候把它轉換成胺基酸醣類等等，提供給它生長的要件，植物工廠一般來講硝酸鹽的濃度，一定會低於所謂的傳統農業，因為它的硝酸鹽其實最主要的控制在光合作用的效率，我們通常都是等它形成一個很好的光合作用的一個階段之後，再來做採收的動作。」
網路寫手也質疑，如果有植物工廠業者標榜使用有機肥來種植，消費者購買前也應該多想想，因為單純有機肥，無法逹到水耕種植的目的。
台大生物產業機電工程系教授方煒：「在台灣只要不是土壤種的都不算有機，在國際上很多地方都是這樣認定，要種在土裡才算有機，我們也沒有說我的產品是有機，所以植物工廠做水耕用化肥的，本來就不是有機，也沒有人說它是有機產品，說的人基本上是亂講的。我認同他的寫法，植物工廠的水耕系統用有機的液態肥料這也是有的，台灣有業者已經這樣在用了，學術界也包括我自己的實驗室我們也有這樣做實驗，可是我們只是試試不同的可行性。」
另外網路寫手也認為，植物工廠的作物營養價值其實比傳統的土耕蔬菜要低，這一點學者也有話要說。
台大生物產業機電工程系教授方煒：「硝酸鹽不是越低越好，因為人體也可以利用，硝酸鹽我們是建議在1000(ppm)以上然後3000(ppm)以下，歐盟是要求大概冬天大概4500(ppm)，夏天大概3000(ppm)以下。用水耕用化學肥料種，你如果都不去控管，硝酸鹽可能5000、6000(ppm)。但是我有去控管，3000(ppm)以下不會有問題。」
學者認為，其實以台灣的環境容易有病蟲害，天災又多，植物工廠正好是一個可以解決問題的選項。現階段台灣農業，土耕和水耕並行發展，是最有利的模式。
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