北市府向中央提的計畫卡關，包含日前北投復興崗政戰學院、仁愛路空軍總部，都打算蓋公宅，但一一被其他部會當作別的用途，北市府提案沒有或得蔡英文總統的協助，也被外界認為是，中央跟北市府不同調。
出席2017螢火蟲國際年會，柯文哲和副總統陳健仁出席活動致詞，台北大安森林公園成功復育螢火蟲，也讓台北首次爭取到年會主辦權，但旁邊出席代表不是總統府，就怕見面也尷尬，因為近期北市府提的案子都被中央打回票。
台北市長柯文哲：「前瞻計劃其實我有找過林全院長，我跟他講說你那4200億現在就5個捷運局了，難道以後再加新竹，再加彰化嗎？我說花那個錢，組織還是要先解決。」
北投復興崗政戰學院，柯文哲要蓋公宅，但國防部派陸戰隊進駐卡位，而空軍總部蓋公宅計畫也被擋，文化部要當文化實驗室，柯文哲提的開發案處處碰上中央給的釘子。
國民黨立委蔣萬安：「其實現在看的出來，內部有產生非常多的矛盾，看到柯文哲市長推出很多的政策，事實上都需要中央來協，但是我們看到蔡英文政府，並不是全然都買單。」
不只如此，之前柯文哲提出的松山機場遷建，行政院長林全3月底在立院備詢，直接說目前沒有評估，北市民進黨立委緩頰要看支持個案。
民進黨立委吳思瑤：「以世大運給的預算，增加跨部會的整合跟協助，中央樣樣項項都協助柯市長，所以不要以個案來解讀。」
北市府政策沒中央支持，連任之路更是棘手，因為根據最新一份媒體民調，柯文哲、賴清德和朱立倫參選，朱立倫支持度最高有27%，如果綠營和柯整合後，柯文哲跟朱立倫則是38.7%比32.2％，距離2018越來越近，民進黨政府和柯文哲的關係，是合作或競爭，牽動選舉局勢。
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