在挺呂派中常委的奇襲下，副總統接任代理黨主席，打破了由「立院總召」出任的各派系默契，也讓反彈聲立刻出現，新潮流大老林濁水就直言，這是不顧黨的角色，只顧權力佈局，立委林重謨更是跳出來說，呂副總統不適合當黨主席，他也要參選。
副總統代理民進黨主席，這個出乎各派系預料的情況，馬上有人發難。新潮流系立委林濁水：「調子沒有定調，那麼只是談誰要擺在什麼位置，就是只談權力佈局，那恐怕亂象會繼續下去。」
事實上，蘇貞昌請辭，加上閣揆換人傳聞不斷，早就讓黨內各派系，對於這些位置，又期待又怕受傷害，現在副總統出線，倒有人鬆了一口氣。
福利國系立委李俊毅：「2008年人選重新考量，所以派系的機關算盡，最後還是回歸基本面。」
只是，副總統接任代理黨主席，對於要不要參選黨主席也還沒鬆口，有人已經搶先一步，向她下戰帖。正義連線立委林重謨：「呂秀蓮在關鍵時刻講的一些讓我們基層黨員無法適從的話，他要選的話，我也來選選看。」
事實上，沒有明顯派系的副總統接掌黨機器，確實讓選後黨內角力，暫時休兵，卻也開始讓各派系審慎評估，要是副總統真的要選黨主席，是要和她硬拼卡位，還是由副總統，繼續維持2008前的黨內恐怖平衡。
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