陳時中宣布投入台北市長選戰後，隨即向行政院長蘇貞昌請辭衛福部長一職。對此行政院發言人羅秉成表示，新任衛福部長將由原次長薛瑞元升任，而醫療應變組副組長王必勝則接任次長及指揮官；原衛福部次長李麗芬則留任原職。今（15）日薛瑞元、王必勝及李麗芬也招開記者會，表示會與指揮中心同仁一起把工作做好，其餘政策則會等待上任後再進行說明。
王必勝也指出「陳時中是永遠的長官」，而自己不論是什麼工作都會盡力做好，會協同指揮中心同仁一起把工作做好，也希望疫情能早日趨緩、結束，且民眾生活恢復正常；至於其餘的政策，也會在上任後向大眾報告。
薛瑞元畢業於台北大學醫學系，不僅擁有律師與醫師執照，公務經驗上也相當豐富；他在2002年擔任衛生署醫事處兼任秘書、2003年升任副處長，並於2004年升任處長。陳時中於2017年接任衛福部長時，薛瑞元也升為衛福部次長，而陳時中也曾肯定表示「這幾年一起打拚，薛瑞元在長照及健保上都做出很大貢獻」，且相信在薛瑞元豐富的行政經驗下，能最全面掌握衛福部相關業務。
此外，陳時中指出面對疫情不斷變化及重複感染等問題，疫情也可能成為常態化，儘管疫情規模仍大但嚴重程度在減弱，因此除了把握時間之外，這段時間防疫也成為盤點、簡化及加速轉型等策略，而王必勝在基層工作上，整備能力確實，則由他進行疫情控制是蠻恰當的。
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