國立大學行政法人化引發杏壇不少爭議，許多大學校長擔心，董事會成為太上皇機構，因此堅決反對法人化的教改方向，尤其是發生文化大學董事會事件之後，董事會能發揮多少功能，讓校長們質疑。
國民黨立委穆閩珠和擔任文大董事長的丈夫張鏡湖，在文大董事會上掀起家庭風暴，並且牽扯出董事會介入學校人事案的爭議，董事會的形象在許多國立大學校長的心中，都存有疑慮，因此教育部端出國立大學法人化的改革政策時，大多數的校長都舉雙手反對，連擔任私立大學董事長的台聯立委程振隆，態度也很保留。
在程振隆舉辦的公聽會中，校方和教育部各坐兩邊，立場分明，只有交通大學聲援教育部，教育部代表也拍胸脯保證，法人化後的董事會不一樣。
教育部已經把大學法人化修正草案，列為立法院下會期的優先法案，雖然反應不佳，但教育部仍決定放手一搏。
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