教育部長吳茂昆請辭，聲明稿曝光，他說因為在野黨對他的抹黑、惡意挑釁太多，更澄清自己絕非為了「拔管」而上任，只是想捍衛學術自由！不過，針對2005年赴陸違法爭議，他在聲明稿說，行政院當時的確沒有同意他參加杭州的國際會議，但因為會議是週末，想讓台灣在國際曝光，才會選擇以個人身分去參加，間接證實，自己違法赴陸，上任短短41天下台，請辭獲准。
吳茂昆聲明全文：
各位親愛的伙伴，我已於上周末向行政院口頭請辭並獲准了。
自107年4月17日我同意頼院長邀請，接任教育部長職務之後，特定媒體即開始撲天蓋地且用不實的指控抹黑本人，在野黨立委亦極盡能事的羞辱我，將我刻畫成一個惡質的人。我這一生，無論在任何位置，都兢兢業業面對各項挑戰，但從沒遭受如過去一個多月來，對人格的嚴重汚蔑與羞辱。
我長期在研究單位，擔任過大學教授、校長，也一直都在指導學生，因此，對於接任教育部長一職進而規劃、實踐教育理念，是我認為無論多困難都應該要全力以赴的工作。然而，從過去一個多月的發展來看，令我憂心的是，這些針對我個人的不實指控，已經造成教育部同仁工作上不必要的困擾與負擔，更使行政院團隊受到傷害，許多該做的事因而延宕。因此，幾經思量，我決定此時以最高的道德標準，向頼院長請辭，並已獲得賴院長的同意。
在此，我必須向教育部同仁表示由衷的感謝。雖然我們共事僅有短短一個多月的時間，即使面對在野黨立委在立法院惡意且無理的挑釁，我們仍然順利完成幾項重要法案的審議。108課綱的審查，即使在某團體不分是非的莫名杯葛情況下，我們在其它課審委員犧牲假日開會的共同努力下，依然持續前進。我也希望，藉由我的離開，摒除掉外界無理的干擾，讓部內同仁可以擴大腳步、向前邁進。外界一直以我是因為要執行「拔管」才接任教育部長職務，事實不然！從願意擔任諮詢小組成員到之後接任部長實際處理此事，我的立場及信念自始至終都一致。我認為，學術誠信是建構一所大學的基本原則，國立大學受全國納稅人委託，教育我們的年輕人成為具有全人人格及專業技能的國家棟樑。因此，尊重學術、維護學術自由、建立學術誠信是大學必須具備的基本準則。大學校長是學校的領航人，其遴聘的人選，當然且必須要接受較高道德標準的檢視；這個過程完全是對事不對人。
至於有關我在2005年10月擔任國科會主委時去中國開會的事，當時我是前往中國參加了兩場國際性會議。行程之一是代表臺灣到中國蘇州參加國際學術會議(ICSU)。會議後再到杭州，參加由香港科技大學與浙江大學合辦的國際學術高峰會議。當時是香港科技大學的校長朱經武先生，亦即我的老師，邀請我去參加。與會的都是國際一流的科學家，同時也身兼各自國家的科技政策負責人。除了朱經武院士及中國幾位院士之外，包括物理諾貝爾獎得主Robert Laughlin (當時是韓國KAIST大學的校長)，日本的北澤教授(Koichi Kitazawa是Japan Science and Technology 的President)，擔任美國空軍科技研發辦公室主任的Harold Weinstock，美國加州大學的Marvin Cohen，愛爾蘭科學基金會的William Harris等國際重量級的科學家。
當年這兩場國際會議的行程，事先都已向行政院提出申請，並循程序簽辦，而在行政院回函給國科會的公文中，對於香港科大在杭州所舉行的國際會議並未准駁。由於該場會議在周六、周日舉行，且出席者都是各國科技政策的負責人，因此，當時在朱經武校長當面力邀下，且考量出席會議可大幅增加臺灣在科技領域發展的國際曝光度，我才決定轉往杭州與會。
我們的年輕世代未來將要面對一個知識與科技快速變化的時代，許多現在慣用的科技及生活方式，不出幾年，將面臨極大的轉變。做為師長，我們有責任貢獻知識與所學，引導他們發掘問題、解決問題並建構出未來的藍圖，因此，我們的教育絕對不能因為意識形態對立而陷入泥沼，而是要回歸真正的理性討論與思辨。臺灣做為世界上最值得驕傲的自由民主的國家之一，在政治上還有進步成長的空間；在教育上，我相信，我們願意一同為了捍衛學術自由民主、教育下一代為社會公平正義的價值而努力，不管面臨多大的困難。
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