教育部27日晚間駁回台大校長聘任案，理由是台大校長當選人管中閔曾擔任台哥大獨董，與同公司董事、遴選委員蔡明興有利益未迴避疑慮，讓外界不禁聯想到有相同爭議的陽明大學校長郭旭崧，質疑教育部根本是2套標準。對此，教育部表示，會依相同標準處理郭旭崧爭議，並交由監察院調查，但郭不需停職。
教育次長林騰蛟27日晚間表示，管中閔擔任台哥大獨立董事職務，和遴選委員蔡明興有重大利益未迴避之適法疑慮，且台大亦未善盡幕僚單位應有之責任，進而形成對其它被推薦人的偏頗與不公平競爭，同時出現有違學術誠信規範的情況，因此教育部無法接受此次遴選結果，決定駁回校長聘任案。
教育部確定「拔管」消息一出，立刻引發外界砲轟，更提出有相同爭議的陽明大學，質疑教育部是2套標準；郭旭崧在參選陽明大學校長期間，身兼心悅生醫公司獨董職務，而遴委會召集人張鴻仁也是心悅董事，但2人直到去年12月28日才分別辭職，那時郭早已確定當選，相較之下，管則是一當選就辭去獨董職務。
面對2套標準的質疑，林騰蛟解釋，郭旭崧是上任之後才爆出獨董爭議，而管中閔則是上任前，所以處理方式有所不同，但教育部仍會採取同樣標準，因此郭旭崧目前已由監察院調查中，但不需要停職。
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