新教長上任立刻官司多一樁，東華大學教授王純娟上午前往台北地院按鈴控告吳茂昆貪瀆，擔任東華校長期間自肥，溢領補助金、教師獎金，根本不適任教育部長。另外就在吳茂昆接任前夕，東華校園內舉辦了一場座談會，也引發贊成、反對吳茂昆的教授吵成一團。
東華大學教授王純娟：「他主動提案讓自己加薪，頂尖教授的彈性薪資還有講座多的60萬，還有他校長本來的薪資，這樣讓他3年來每一年都領將近500萬。」
痛批吳茂昆擔任東華大學校長期間自肥，監察院雖然已經調查，要求繳回溢領的費用，不過吳茂昆喊委屈，因此她要藉由司法調查清楚。
東華大學教授王純娟：「我個人的看法是他完全不適任教長，國科會左手申請經費，右手撥給自己之後，這5億元的研究成效在哪裡？看不到。」
教授出面反對吳茂昆，而就在他接任前一晚，東華校園也舉辦一場座談會，引發贊成、反對吳茂昆的教授吵成一團。
吳茂昆是在2012到2016年期間擔任東華大學校長，雖然爆發工程違法圖利、打壓人事等醜聞，還是有不少教授認同他，認為是自由主義風範的學者，他在任時代算人文精神很高的，而且學生也認為他願意跟學生對話。
東華大學網頁恭賀前校長接任教育部長，但隨著他就任，爭議持續延燒。
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