教育部長潘文忠請辭獲准，但他的請辭聲明幾乎都在說明台大校長遴選事件，除了提到台大校長遴選案爭議的釐清過程，預期將持續遭遇泛政治化的攻擊和污衊；並說令人遺憾的是，遴委會及校務會議對各項爭議的處理，或以模糊帶過，乃至以擱置方式不處理。
對於潘文忠的請辭聲明直接點名，台大遴選委員會發言人袁孝維回應，遴選過程一切合法克盡職責，遴選委員當中也有3名教育部的代表全程參與自當清楚，而遴委會尊重潘文忠的個人決定，但也請教育部尊重遴委會的決議，維護依法行政及大學自治的核心價值。
至於，有關管中閔學倫部分，在去年10月即已去函教育部及科技部確認後，才進入遴選程序；而有關其獨董兼職，也在1月31日加開的遴委會議中，由人事室説明完全按照程序，並無違法，且當天的會議中，遴委會依照教育部代表、教育部次長姚立德的建議針對教育部的疑慮逐條討論，且對特定議題投票表決，會議長達近7小時，並非「模糊帶過」。當次會議結論確認管教授當選台大校長「並無疑義」。
另外，針對管中閔赴陸兼職的疑慮，袁孝維說，在3月24日的臨時校務會議中，已由人事室澄清，則非本委員會的職權。
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