台大遴選委員會在31日晚間確認，管中閔當選校長並無疑義，至於何時上任交由教育部決定，台大遴選委員會將球踢還給教育部。實際上這個決議讓不少人覺得仍有疑慮，反管派認為沒有實質意義，且遴委會根本沒有恰當的問責制度，而挺管派則認為，遴選委員都是一時之選應該給予充足信任。
國立新舊任大學校長交接布達卻不見台大管中閔，因為前一天遴選委員會，馬拉松式會議，直到晚間7點左右結果才出爐；繞了20多天回到原點，台大以最速件將公文送教教育部，遴選委員會說，管中閔何時上任由權責機關來決定，球又踢回給教育部。
教育部人事處長陳焜元表示，對於很多議題的理解也必須要再做清楚的檢視，所以當然不是只有人事處，也就是說內部單位，包括高教司、法制處會就裡面的內容做些審視，應該需要點時間；教育部再三強調，實質內容跟流程都會詳加檢視有無瑕疵，看來台大「家裡沒大人」狀態，短期難以解決。
有台大學生對此認為沒問題，還說就評選委員會已經確定，所以不是違規，還說會讓外人感覺「沒有別的人了嗎？」而動物科學技術系教授陳保基表示，年度剛開始很多計劃要提出、規劃跟進行，不能夠在這樣氣氛下讓台大這樣子走下去，如果寒假後學生回來都上學還沒有校長，真的是會變成一件大事。
台大動物科學技術系教授也是前農委會主委的陳保基，與其他3千多名台大師生、校友，連署「抗議政治力介入台大」，他認為外界應該要信任遴委的決議，陳保基說，有3個卸任的大學校長，跟現任大學校長，也有當過部長的，他們經過非常繁複的程序替台大選出來一個認為最適當的校長候選人，社會大眾應該去信任他。
遴選委員是一時之選，不過外界質疑的恐怕就是遴委的身分，這次管中閔就任卡關除了被指控論文抄襲之外，他自己並未主動揭露擔任台哥大獨董，涉嫌誠信爭議，偏偏這次遴選委員蔡明興就是台哥大副董，遭詬病沒有利益迴避。
台大法研所研究生戴紹恩認為，其實管也是被遴選委員會，較多數票選出來的人選，其實在一個較支持管教授的立場的組成成員，這個遴選會裡面要面對自己程序上的瑕疵，覺得當然是有一定的困難度；陳保基更說國外的大學校長全部都是遴選，也從來沒有人質疑遴選委員會有甚麼樣的問題。
國際間都有遴選校長機制，但若比較台灣與美國，台灣無問責制度，而美國，校長得直接對董事會負責，且副校長很難選上原屬學校校長，就是因為要做到利益迴避。
研究生戴紹恩也說，遴選委員其實就是把這個球丟給教育部，也反應了一個問題，就是遴選委員會這個機制上路以來，其實沒有很恰當設計的問責制度，針對選舉結果遴選委員似乎沒有負責任的義務。教育部人事處長陳焜元表示，部長這邊也指示要盡快組成一個工作小組，但是國內跟國外畢竟在環境制度面還是有差異，所以這個整個必須拉進來思考。
教育部承諾，將重新審視遴選機制，但引爆的爭議點還有公立大學經費來源為稅收是否該接受監督、讓政治力介入，種種問題都因為這次遴選浮上檯面。
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