依照台灣目前現行法規，醫美診所在美容醫療勞務上因為屬於醫療行為，所以不需要課徵營業稅，不過鄰近的日韓都有針對非醫療目的的美容醫學進行課稅，就有稅務專家認為民眾到醫美做整形等美容和醫療目的不同、也絕非必要，賺得多卻不需要課營業稅，有可能影響到租稅公平。
有些人對外表不滿意，就到醫美診所「修修臉」，微整型這幾年也很夯、賺得多，也讓台灣醫美院所一間間的開，不過就有稅務專家直言醫美院所不需課徵營業稅，擔心影響到租稅公平，因為美容與醫療目的不同也絕非必要，卻能比照醫療勞務免課營業稅，還可能造成逃漏稅狀況。
美容外科醫學會理事王子杰認為政府應該是一體適用，不能在課稅時說醫美是勞務行為而不是醫療行為，但在管理時又說是醫療行為，這樣等於是沒有一個平衡點。美容外科醫學會認為按照目前法規，雖然整形等醫美勞務不需課稅，不過像是販售保養品非醫療行為就有開立發票、按時繳稅，加上醫師必須繳所得稅，如果再課營業稅拉高成本，只怕會破壞平衡、轉嫁給消費者。
民進黨立委林靜儀說，醫學輔助的美容行為跟醫療行為應該拆開來看，所以稅制上面拆開來處理，也有助於醫美產業的發展。課不課稅立委有不同看法，像是燒燙傷、創傷等整型修復確實屬於醫療行為不需課稅。不過隆乳、隆鼻或是割雙眼皮，非或病理上的美容應該要列為「醫療輔助消費」來課徵營業稅，建議衛福部釐清兩者差別。財政部國稅局則表示課不課稅尊重衛福部觀點。
衛福部醫事司則回應美容醫學屬於醫療行為，至於要不要賦稅則由主管機關辦理。而對醫美業者來說不是不能課稅，而是希望政府端出完善配套，避免造成不公。
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