藍營緊咬民進黨總統候選人蔡英文涉及「宇昌案」，案子爆發後，曾經擔任宇昌公司董事的中研院長翁啟惠，就說不該波及無辜，被解讀是力挺蔡英文，今天翁啟惠和馬總統同台，2人全場零互動，場面有些尷尬，翁啟惠首度替自己澄清，說當初是因為身兼行政院科技顧問，才會出面幫忙，也說自己沒拿股票，更說自己絕對沒有特定的政治立場。
記者：「你看到總統會覺得有點尷尬嗎？」中研院長翁啟惠：「不會。」
和馬總統同場尷尬嗎？中研院長翁啟惠直說不會，但是2人在大學校長會議上，座位隔著曾志朗，2人零互動，連握手都沒有。翁啟惠：「的確開始的時候，有參與到(宇昌)這事情，當時身為行政院科技顧問，我有這個責任去幫忙，所以我就決定，不應該有這個利益在裡頭。」
為自己參與宇昌公司設立說分明，但是翁啟惠一席「不應牽連無辜」的話，被認為是打馬挺蔡，翁啟惠說是「誤解」。翁啟惠：「我沒有講這種字眼，這個『不公平』不一定是針對蔡主席。」
強調沒有拿到好處，也沒有挺蔡打馬的問題，但是藍營猛攻宇昌，要蔡英文公開講明白，無法否定過去的翁啟惠，顯得很尷尬。翁啟惠：「現在比較敏感的時刻，大家講話就必須要小心一點，我在學術界，不應該有什麼立場，假如媒體有立場，我很難做出什麼說明。」
說自己沒有立場，翁啟惠試圖要從宇昌案的角色中脫身，但這時間點，幾乎是不可能的任務。
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