何大一研發治療愛滋病藥物，登上時代雜誌風雲人物，享譽國際，但在宇昌案中，被藍營質疑他的角色，他當年參與審核南華案，在幾乎過要通過前，突然否決南華，卻在隔年支持宇昌，甚至當上宇昌的董事，還持股一千萬股，藍營質疑他「球員兼裁判」，更質疑何大一是黃芳彥姪子，與陳水扁互動密切。
研發愛滋病藥物、登上時代雜誌風雲人物的何大一，如今卻捲入宇昌爭議，被藍營質疑角色，以時間序來看，民國95年，6月行政院跨部會，決議支持南華案，但8月參與審核南華案的何大一赴美訪查之後，認為南華案風險大，要國發基金會審慎。
隔年2月，行政院以及極機密文件轉向投資後來的宇昌，宇昌成立時，何大一列為創辦人，藍營質疑何大一否決南華、建議投資宇昌，卻又擔任宇昌董事，持一千萬技術股，沒有利益迴避。國民黨立委羅淑蕾：「假使只是居中的傭金，有必要付那麼高嗎？1億的乾股耶！」
民進黨發言人陳其邁：「何大一持有宇昌公司的股份，是在什麼時候，是馬總統在執政。」
平面媒體更報導一份95年6月，當時行政院跨部會的會議紀錄，明確指示要協助評估南華案，提到的藥物型號也跟宇昌案開發的藥品同編號，讓南華團隊無法接受的是，同樣的藥物，宇昌半路殺出卻搶先過關。陳其邁：「(宇昌是)可長可久，整個運作的模式不要走回代工的模式(指南華)。」
藍營還質疑，何大一跟陳水扁互相推崇，還擔任扁時代的生化科技顧問，又是黃芳彥的姪子，與綠營互動密切。國民黨立委邱毅：「我先不談何大一，他根本就是科技界的敗類。」
國民黨立委蔡正元：「何大一的角色不是科學家的角色，我說句不客氣的話，是三七仔。」
民進黨主動蒐集，藍營痛批何大一、翁啟惠、陳良博3位科學家的片段，3人還沒主動回應，倒是民進黨搶先要求馬總統向3人道歉，但藍營還是持續鎖定，何大一牽涉的利益爭議。
◎畫面由民進黨提供
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