宇昌生技公司成立，被外界質疑行政程序不符規定，前立委高育仁也爆料，早在宇昌生技公司成立之前，他就以同一顆抗愛滋藥物TNX-355，向國發基金申請補助，但歷時兩年，卻慘遭駁回，看到宇昌生技能迅速成立，讓他覺得很奇怪，也感嘆同一顆藥物，受到的待遇卻大不相同，前經建會主委何美玥反駁，當時高育仁並非以「研發藥品」為目的，而是要成立製造工廠，政府考量資金過於龐大沒有答應，並沒有厚此薄彼。
時任宇昌生技董事長蔡英文(2007.9.14)：「第一次做董事長，感覺很奇怪。」
進駐宇昌生技，蔡英文自己都自嘲，當「蔡董」感覺怪怪的，旁邊坐著的是中研院長翁啟惠和愛滋病專家何大一，就是他們一手催生宇昌生技。宇昌生技創辦人何大一(2007.9.14)：「TNX-355是阻止身體接收(病毒)。」
2007年宇昌生技公司宣布正式成立，何大一還侃侃而談未來規劃，不過看在其他人眼裡，實在好吃味，前立委高育仁爆料，早在2005年宇昌生技成立之前，他也拿同一顆愛滋病藥物，申請國發會補助，光走行政程序就花了兩年，最終還是被駁回，感嘆同一顆藥物，政府態度大不同，質疑宇昌短時間內就能獲得支持，讓他感到「非常奇怪」。
前經建會主委何美玥：「他(高育仁)要申請的是製造廠，所以不是要開發這個藥，製造廠規模70億，所以我說這兩個是不同案子。」
何美玥澄清，兩個申請案，根本不一樣，旁邊發言人又是遞紙條、又是送報紙，就擔心何美玥的回答，漏了重要關鍵。何美玥：「那個藥還沒有完成臨床實驗。」記者：「主委，妳講得太冗長了。」
被嫌回答太冗長，何美玥還是堅持要說完，拿出照片證明，宇昌生技完全由科學家們主導，中研院長翁啟惠也發表聲明，蔡英文在副院長期間關切生技產業的發展，積極在政策行政上協助，卸任副院長後，經營團隊力邀，蔡英文才接任董事長，接力澄清，宇昌案都照規矩來，沒因為蔡英文「事後」當了董事長，「事前」先佔便宜。
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