浩鼎新藥研發案引發的中央研究院前院長翁啟惠利益迴避風波，與之後的中研院長遴選爭議，一度使中研院定位受到關注。立法院本會期必須審議中研院預算，其走向勢必再度受到檢驗。對於中研院，總統府表示，中研院是國家最高學術研究機構，負有領航學術、鞏固基礎研究、培養高級學術人才任務，也是大學學術研究背後最重要的支持力道。
蔡英文總統於10月28日下午訪中央研究院，在現任院長廖俊智的陪同下，參訪中研院歷史語言研究所歷史文物陳列館，及民族學研究所博物館。參訪前，廖致贈甲骨文水晶擺飾及「奉天承運」筆記本予蔡總統，蔡英文則建議中研院應多開發館藏文物的文創商品。除此之外，對這個隸屬總統府，一年花掉170多億預算的研究機構，於浩鼎案與院長選舉風波後，其院士會議與所轄各研究單位的角色，及在台灣未來學術發展之定位，府方是否仔細思考過？
總統府發言人黃重諺表示，總統府視中研院為國家最高學術研究機構，其任務除了領航國家學術發展，特別要鞏固各種科學的基礎研究，也要為國家培養高級學術研究人才。
黃重諺說，相較於大學的任務，中研院更著重大學、研究所之後的學術人才養成，相關資源、設備及研究能量，也是大學學術研究背後最重要的支持力道，而這也是為什麼許多國家（日本、德國等）都有設立類似的國家最高學術研究機構。
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