高鐵南港站通車之後做了一次大改點，不過新竹跟台南搭配轉乘的台鐵時刻卻沒有跟著改，引發不少民眾抱怨轉乘接不上，不是要奔跑就是等很久，以新竹站為例，大約要等近半小時，其中一班勉強接得上，但轉乘時間只有2分鐘，不想等下一班就要考驗跑百米的速度。
車門還沒打開就先排隊，蓄勢待發上月台開始衝，因為轉乘時間只有2分鐘，高鐵列車南下新竹到站時刻大多落在每個整點，10分、20分、45分、54分，台鐵發車時刻卻是每整點17分、47分，因此不是要等很久就是跑很趕。
民眾：「之前搭都是非常趕，都要用跑的才能趕上這邊火車。」
記者張允曦：「高鐵新竹站跟台鐵六家站直線距離很近，在高鐵月台就能看到台鐵車站，但是要跑起來可不輕鬆。」
實際跑跑看，從南下月台下樓梯再到北上候車區，出閘門走連通道到台鐵刷卡進站，還要上樓才是月台層，快走就得花上2分半，要是票卡出問題稍微耽擱，就只能看著台鐵列車離開。
雙鐵合作轉乘時間卻搭不上，相同情形也發生在台南沙崙線，高鐵南下進站是5、11、16、31分，台鐵發車卻是30跟50分居多，主要原因是高鐵7月南港站通車改點，台鐵卻沒有跟著改。
台鐵營業科長陳裕謀：「為了支線不影響本線縱貫線的其他班次，所以我們必須要等我們這次10月份的改點才能進行全盤調整。」
台鐵大改點一年只有一次，今年剛好遇上台中高架化，必須等到10月20日新時刻才會上路，出現2個月陣痛期，台鐵也說未來雙鐵間會盡量配合，避免再造成旅客不便。
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