莫蘭蒂颱風不止造成南部嚴重災情，金門更颳起破表的17級強陣風，而且當時莫蘭蒂還是中颱的強度，中心通過，金門第一次碰到這樣強度颱風，全島災情慘重，尤其是不少古蹟受到影響，像是超過400年的榕樹被連根拔起，倒塌，國家三級古蹟總兵署部分建物被壓毀，而媽祖天后宮的牌樓也不敵強風。
老榕樹被狂風強襲，連根拔起、傾倒，壓壞了屋瓦，這裡是金門總兵署，莫蘭蒂在金門颳起，設站以來破表的17級強陣風，古蹟遭殃，超過400年的老榕樹抵擋不了，整個倒塌，還好正殿沒受損，總兵署是明神宗萬曆年間興建，原本是進士的故居，清朝康熙時改建為總兵署，不只是國家三級古蹟也是遊客到金門必訪的景點之一，如今得重新整修。
文化局長呂坤和：「已經倒下來的無法復原的要趕快把它移走，後面那一棵我們想辦法保持好一點，壓到房子的部分要清除掉。」
另外有300多年歷史的媽祖天后宮，門口的牌樓也不敵強風襲擊，有一半被吹垮，碎石鋪滿地，石獅子也應聲倒，在地常見的傳統紅磚屋，磚瓦片掉落一地，住戶民宅屋頂甚至破了一個大洞，金城鎮的住家整排鐵皮屋頂也岌岌可危，國軍出動協助整理家園，路邊、停車場還有更多的車輛遭到樹壓毀，這是金門首度碰到，中颱中心通過，全島災情不斷也是1999年丹恩颱風後，金門受損最嚴重一次，不只9成的聯外道路受阻，港邊4萬噸的貨船也被吹到擱淺，漁船更不用說，被撞的船身支離破碎，想要恢復原貌，短時間內恐怕很難。
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