特偵組從設立近10年，但2013年馬王政爭，爆發前檢察總長黃世銘也涉案，遭外界批評成政治鬥爭工具，立院民進黨團決定提案廢除特偵組，法務部長邱太三7月回覆立委書面質詢，首次公開不適合設立特偵組，引發兩方討論。
偵辦重大案件的特偵組面臨存廢問題，法務部長邱太三7月回覆立委書面質詢，表態現階段制度影響檢察機關內部監督，違反機關與職務不兩立原則，也違反再議程序等，有5大理由「不宜設立特偵組」。
特偵組是2007年成立，曾辦過重大案件，包含2008年前陳水扁涉嫌海外洗錢，以及2012年前行政院秘書長林益世貪污索賄、2013年的馬王政爭爆出關說洩密最具爭議，當初主張特偵組法制化是前立委蔡啟芳，不過現在是兒子蔡易餘提案廢除，希望最快10月完成三讀。
擔心特偵組設立成為政治打手，但廢除後相關配套措施怎麼做？特殊重大貪瀆和經濟犯罪等案件，能不能由一般檢察官處理，引發正反雙方爭論。
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