氣爆意外第8天，高雄地檢署出其不意搜索華運倉儲，要釐清肇事責任，不過高雄市府早一步行動，引用工廠管理輔導法第21條，勒令李長榮化工停工，對經濟部認為，管線部分不在工廠管理輔導法規範範疇內的疑慮，高市府強調會再研究，而李長榮化工聽到消息，雖一度無法接受，但後來還是發聲明表示，雖會影響公司營運，但仍願意配合，到工廠確定安全無虞，才會全面復工。
高雄地檢出其不意，搜索李長榮、華運和中石化，連日傳訊華運人員後，檢方發現，華運對儀器操作 數值變化一問三不知，懷疑缺乏專業能力，因此氣爆當晚流程，到底有多少專業判斷，是檢方下午搜索三個廠的原因，但是高雄市府決定早一步採取行動。
高雄市長陳菊：「為了安全部分，現階段是沒有讓他們(李長榮)復工。」
2011年台塑雲林廠發生工安意外，當時經濟部引用工廠管理輔導法第21條，要求雲林廠停工，高市府決定也引用該條文，工廠發生重大環境污染或工安事故，已經嚴重影響民眾安全者，縣市主管機關得命其停工，李長榮化工雖聽到消息一度無法接受，但後來還是發聲名稿表示願意配合。
李長榮化工發言人魏部長：「高雄市政府經發局有發一個文，對這個函的內容，本公司予以尊重(配合停工)。」
只是7月31日氣爆發生，歷經8天後市府才勒令停工，難免有些民眾覺得慢了些。
民眾：「太慢了，應該越早越好。」
因為市府找不到法源依據，最後找到2011年經濟部的解釋條文，才認定管線在工廠登記設備的範圍外，也屬於工廠的一部份，才有辦法勒令李長榮化工停工。
高雄市經發局長曾文生：「如果它可以適用工廠管理輔導法，就不會再出現說，管線無法可管的狀況。」
雖然工業局部份官員認為，管線不在工廠管理法的範疇內，引用該條文於法不合，但最終李長榮化工還是接受。
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