傳出這次意外和馬公機場設施不足有關，尤其是在氣候狀況不佳，能見度相當低的狀況下，能幫助駕駛安全降落的ILS「儀降系統」，馬公機場跑道只有單邊有，這次出事就是在沒裝ILS的跑道，不過飛安基金會指出，造價上億元的ILS，也不是想裝就能裝，還要看跑道地形適不適合，民航局也表示，如果連另一邊也要裝的話，得要填海造陸，花費將高達10億元。
這是飛機從馬公機場降落畫面，有專家認為，馬公機場設備可能還需要再加強！退休機師于皓瑋：「我覺得外島的『助導航』裝備還需要加強，舉例來講，澎湖機場有一個『儀降系統』，我看民航局網站資料好像只有一邊，20跑道這次出事的就沒有。」
馬公機場只有南往北的跑道裝有ILS，也就是所謂的「儀降系統」，但從北往南飛，並沒有裝ILS這次出事，就是在沒裝的那一端，不過擔任戰鬥機駕駛30年，現任飛安基金會秘書長王正霄指出，ILS可不是想裝就能裝。
飛安基金會秘書長王正霄：「任何助航設施要裝設的時候都會有規定，他有一些『地障』的規定，就是有沒有障礙物，如果有障礙物的話，裝了也沒有用，(ILS)不是要裝兩邊就裝兩邊，有一邊可能裝了沒有用，因為規範不符，目前來看，(馬公機場)它的助導航設施，基本上是夠的。」
王正霄指出，機場得透過相當嚴格的ICAO國際民航組織規定，只要過的了，基本來說機場安全都是沒問題的，那到底什麼是ILS？即使在一片黑暗中，駕駛還是能透過跑道上的亮燈指示安全降落，這就是ILS儀降系統的功能，簡單說，就是透過儀表著陸，又被稱為『盲降系統』，使用無線電信號和高強度燈光陣列，引導飛機安全降落，民航局表示，馬公機場99%的飛機都是南往北降落，所以跑道北端架設「ILS」，如果想在使用機會僅1%的南端也架設ILS，就得填海造陸，經費預計高達10億元。
飛安基金會秘書長王正霄：「離島機場(設備投資)，第一個看他使用率，至於他的…任何機場只要能夠使用，一定是符合條件，不管是助導航設施、跑道狀況也好，跑道的硬度、長度，這些都是符合條件，符合什麼條件呢？符合民航局的條件，符合ICAO(國際民航組織)條件，才能夠使用(助導航設施)，需要到什麼樣標準，那要視機場使用率狀況來做設施投資。」
至於外傳馬公機場塔台雷達事發前出問題，民航局也出面否認。航局長沈啟：「馬公的空域上空其實還有台中的雷達可以蓋住他，或者是高雄，這個部份，所以即使有一個有問題，所有的飛機都可以看見。」
當時塔台並沒有在運作，影響飛安的因素從機場設備、飛機機型、駕駛水準、氣候狀況，都是環環相扣，航空業禁不起空難事後理賠的重大損失，都極力把有可能影響飛安的因素，降到最低。
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