這一次的馬王爭議，程度之嚴重，牽連之廣，被外界視為「政爭」，熟悉台灣政治歷史的人，很容易聯想到1990年的「三月政爭」，當時以李登輝為首的主流派，跟林洋港、蔣緯國、郝柏村等人的非主流派，有過一番腥風血雨的廝殺，不過兩起宮廷內鬥戲碼，本質上不盡相同，這一次「九月政爭」，就馬英九的角度而言，他用司法正義的外衣，試圖搬開政策推動障礙的石頭，但從王金平的角度來說，國會的運作方式極其複雜，需要細膩的操作與調和鼎鼐，當中有非常多的灰色地帶，馬英九就算真的讓王金平走人，如果政策或法案有問題，恐怕也無法在國會暢行無阻。
這是2008年，馬王的交杯酒，政治人物駁斥不合傳聞，演演戲，司空見慣，卻很少見，連酒都交杯了，還要補上這麼一段解釋。吳伯雄(2008.2.8)：「之前他們酒是交了，心還不太交，今天一年以後，酒也交，喝下這杯交杯酒，心也要交了。」
都已經到了這種程度，還要硬說馬王關係緊張，僅止於傳聞，恐怕沒幾個人會相信，而且光是在立法院的法案處理上，王金平就不只一次讓馬英九碰了軟釘子。王金平(2010.1.14)：「社會不能接受的案子，硬要通過，受傷的不只國民黨。」
王金平這番話，講的是2010的舊案，卻巧妙地呼應了當前的情勢，馬英九任期剩下3年多，他一心想在兩岸問題上，留下突破性的歷史定位，但王金平的存在，卻讓他很不容易施展，例如馬英九力推服貿協議，王金平就堅持要經過立法院的審議，還強調兩岸協議，目前沒有處理依據，這豈不是成了馬英九推動兩岸政策的一塊大石頭。
周玉蔻：「他已經是一個明顯的掣肘馬英九的政策，那馬英九的這種人格特質上面，最痛恨的就是，你刻意地製造一些，讓我說不出的痛苦來阻撓我，而你阻撓的目的，不是為了國家好，而是為了政黨之私，或是只是為了你在國會裡面，那種所謂的圓融，或者藍綠通吃之下的，一個議長的天王的地位。」
回首來時路，類似這樣的宮廷鬥爭戲碼，在台灣政壇早已經見怪不怪，2000年陳水扁，先用了唐飛當閣揆，再逼他下台，說是搬開了停建核四的大石頭，更早的時候，1990年，國民黨內林洋港，連結郝柏村、李煥、蔣緯國等人，投入總統選舉，所謂非主流派對上主流派，向李登輝宣戰的三月政爭，也是戰況慘烈的一場大戲。
董智森：「李登輝認為他是主流，那林洋港他們想說，我們藉著最後一屆的老國代，來選出蔣緯國跟林洋港，搭配的這樣的總統組合，這個全民是沒辦法接受的，為什麼，因為那一批老國代，是大陸時代選出來的嘛。」
周玉蔻：「這兩個鬥爭的最大的前提是當時的主流派很弱，非主流派比較強，那所以主流派就必須結合民進黨的政治人物，李登輝要民進黨的奶水幫助他。」
不過23年後的今天，國民黨再次上演九月政爭，整個態勢已經大不同。周玉蔻：「這一次呢，其實很難講，有所謂的主流非主流，因為馬英九如果是主流的話，他是大權在握，而且他不需要去結合民進黨的力量，現在這一次反過頭來，是王金平他好像是民進黨在協助他。」
雖然王金平貴為立院龍頭，但他也是國民黨的不分區立委，換句話說，只要國民黨考紀會開鍘，讓王金平失去黨員身分，他就會在一夕之間，失去立委資格與立法院長的寶座，馬英九會做到這一步嗎？董智森：「王金平下台機會其實是滿大的，因為我覺得最主要是看國人，還有整個社會的氣氛。」
王金平長年掌握立法院系統，凡事透過跟柯建銘為首的在野黨閉門進行朝野協商，是典型的密室政治，馬英九早已不願對這樣的操作模式照單全收，這次出手，也有一舉搗破利益交換總樞紐的意味。
董智森：「如果你們藉著，因為我是協商的代表，然後我有更大的權力，去約束某一些部會，然後來遂行自己的私利的話，這個就是密室政治裡面，被人家最詬病的，那我們今天很不幸地看到，他在司法這一塊，最神聖不可侵犯的領域裡面，是為了協商的黨鞭，個人的私利，然後找國會的龍頭，然後來幫他關說，這個我老實講，是臭不可聞的。」
馬英九與王金平，在國民黨內各霸一方，王金平跟本土派政治人物交好，在中南部地方勢力之間，實力也不容小覷，過去每次關係緊張時，黨內總希望兩人合作，而他們在表面上，也都還維持著一定的和諧。王金平(2007.5.31)：「馬王雖然不配，但是馬王合非常重要。」
6年前馬王合很重要，6年後呢，馬英九這次出重手，已經宣告，用自己的一刀，劃清兩個人的界線。
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