屏東驗票，國民黨立委曾永權指稱，東港第145投開票所多算了陳水扁200票。綠營回應說，200票應該混在公投票裡了，對於這個爭議，法院還在調查。
屏東地院驗票，發現查封的萬丹第212號票箱，裝的全是公投票，所有的總統選票隨後在選委會被找到。屏東地院院長高金枝：「跟高雄一模一樣，212總統選票被放在公投票箱裡面。」
儘管選委會解釋是兩種選票放錯紙箱，法院也在兩造律師的見證同意下，打算將總統選票拿出來驗，卻引發藍營立委高度質疑。立委鍾紹和：「根據選罷法規定，總統選票假如是放在公投票箱裡面去…」屏東地院院長高金枝：「不是，不是公投票箱，你別誤會。」立委鍾紹和：「票是廢票。」屏東地院院長高金枝：「我知道。」
藍營立委說，被錯放在公投紙箱裡的總統選票，未經法院查封，等於是在外頭流浪，無法取得公信，他們拒絕查驗。屏東地院院長：「如果我們現在不驗，這個個案應該要留到高院。」立委：「那這也可以。」屏東地院院長：「留到高院。」
雙方終於達成把212號票箱的公投票及總統票一併查封，送交高院認定的共識，不過藍營立委說，東港第145號票箱也出問題。國民黨立委曾永權：「陳水扁得票是549票，但是現有選票只有349票，也就是200票不見了，我們質疑有灌水的情形。」
民進黨政策會執行長梁文傑：「基本上應該是這兩疊選票被放在公投票袋裡面。」
到底選票有沒有短少200張？是哪裡出了問題？法院表示，他們都會一併送交高院做最後裁定。
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