反制大陸的斬首行動，國安單位早就備妥了一套「萬鈞計畫」，一旦總統有遭遇攻擊的危險，從「陸空」兩方面著手，可以幫助總統順利脫逃，而且經過估算，時間不多不少，就是巡弋飛彈從淡水河口到總統府的時間，剛好90秒。
從淡水河口到總統府相距30公里，巡弋飛彈以每小時600公里速度飛行，加上風阻和其他干擾因素，飛彈到達總統府的時間約在90秒內，這時候，保護總統的萬鈞計畫就要啟動。
TVBS記者楊鎮全：「當萬鈞計畫一啟動，陳水扁總統就會由地下通道來到一街之隔的博愛大樓，經過國安單位的精密估算，時間只需要花90秒鐘。」
當總統一抵達博愛大樓，就會立刻上到屋頂，搭乘直昇機飛往衡山指揮所，進行後續應變，時間不多不少，剛好90秒，不過軍事專家認為，以現在的能力，軍方在對岸發射巡弋飛彈的第一時間，就可以掌握，所以總統可以反應的時間其實可以拉長到10分鐘。
正因為對岸的斬首行動可能從淡水河口而來，在淡水的至高處，陸軍部署了鷹式飛彈陣地，水面邊還有陸戰隊等等單位，加上愛國者飛彈的高攔截率，對岸的斬首行動要破解，不會太困難。
不過擔心恐怖份子的近距離攻擊，總統府還在去年改裝過程中，在總統辦公室加裝防爆牆，降低總統府的危險指數；而傳出軍方也投入6億，計畫組成一支全新的反斬首部隊要來保護總統，不過遭到否認。
只是，國軍的防斬首行動，已經不再是紙上談兵。
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