馬英九當選國民黨主席，親民黨人士普遍反應冷淡，秘書長秦金生依照主席宋楚瑜的指示，親自到王金平的競選總部致意，但卻只打了通電話給當選的馬英九，而親民黨人士也憂心，馬英九當選，國親之間的協商，會停滯不前。
確定馬英九當選國民黨主席後，親民黨秘書長秦金生第一時間，就依照宋楚瑜的指示，先到王金平競選總部致意。親民黨秘書長秦金生：「謝謝，謝謝，恭喜恭喜！」
王金平這，秦金生直接到現場，但當選的馬英九，則是親民黨副主席張昭雄的一通禮貌性恭賀電話。落差這麼大，事實上，在選前一天，王金平播放宋楚瑜力挺錄影帶，加上親民黨立委公開站台，親民黨的支持意向，再明朗不過。
如今，選舉結果出爐，親民黨內部，就有親宋派立委坦言，很失落，也斷言，國親兩黨要合併，已經宣告「不可能」，縣市長選舉協調，更是會因為馬英九的當選，拖延時程。
親民黨立委劉文雄：「那再說了，那還早，現在情勢還太早，因為他現在黨內情勢問題還要解決。」
親民黨人士分析，馬英九要在黨務系統上手，恐怕還要2個月的時間，因此協調可能得到9月以後，親民黨更憂心的是，馬英九對橘營態度只會更差，不會更好，泛藍不會因此整合，只會有部分橘營親馬立委，可能出走，親民黨人士分析，國親兩黨，恐怕只會漸行漸遠。
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