邱小妹妹被當作醫療人球事件的責任歸屬出現大逆轉，衛生署將劉奇樺和林致男2名醫師的處分， 從停業變成警告，台北市長馬英九表示無法認同，衛生署的從輕發落，等於將2人的責任，全都推給醫院和醫療體系。
衛生署大筆一刪，將劉奇樺和林致男2名醫師的處分，從停業半年，變成警告1支，外加20個小時的法律倫理教育，衛生署的從輕發落，台北市長馬英九無法認同。
台北市長馬英九：「我覺得這2個醫師，他們該看病人卻不去看病人，已經違背他們這一行的行規 ，我想一般的人民，對這樣的決定恐怕不容易接受。」
邱小妹事件懲處大翻盤， 衛生署表示2名醫生是按照仁愛醫院的急診會診作業要點處理，不必親自到診，因此責任不該由醫生承擔，而且，即使邱小妹沒有轉院，但明知沒有醫療能力還將她留下，勉強開刀，反而會違背醫學倫理，對邱小妹的病情也不見得有利。
至於偽造病例的部分，委員認為，林致男是在考績會的指示之下，依照急診內規進行病歷補登，沒有不實或捏造的情形，然而台北地檢署才剛在上個月27日，才依偽照文書，以及業務過失罪嫌將2人起訴，如今衛生署卻將2名醫師該負的責任，全都推給醫院以及醫療制度，衛生署撤銷北市衛生局的停業處分，有待社會公評。
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