台北捷運公司針對捷運公司員工逃票事件作出懲處，有8名員工遭到解職，另外有115名員工遭到移送法辦，同時有16名督導主管被記過處份。
深深一鞠躬，捷運公司董事長及總經理為捷運弊案向大眾道歉，同時也公佈懲處名單，除了董事長陳椿亮台北市長馬英九予以口頭告誡，總經理蔡輝昇被記小過一次之外，捷運公司自行處分了包括運務部經理等16名督導主管，而主要127名涉案人員，有8名因違規次數太多，除了記大過二次，捷運公司還將終止與他們的勞動契約，其他的119名人員則是依情節輕重，各記大小過、申誡不等。
其中8名涉案情節最重的捷運公司員工，有1位是站長、多達6位副站長，站務員則是1名。 捷運公司董事長陳樁亮：「對於這個事件，我表示深深的慚愧之意，那我在這邊，也跟我們總經理一起向社會大眾深深一鞠躬，表示愧疚之意。」
同時捷運公司也決定，除了12名涉案次數低於5次的員工，暫不移送法辦之外，有多達115名的涉案人員，因為犯罪意圖及事實明顯，捷運公司將主動交由檢調機關來偵辦。捷運公司總經理蔡輝昇：「除了以上的處分之外，我們對於他所短支付的車資，我都加以追償以外，也要以乘於50倍的履約金的賠償。」
另外，雖然涉案員工並不是公務員，所以不涉及貪污，但他們還是明顯違反刑法詐欺得利罪、以及偽造等罪名。北市政府調查小組陳清秀：「發現這127位工作同仁，他是個別到分別到不同的時間，個別的時間個別的地點，來從事這些違規使用票卷的行為，違法使用票卷的行為，所以他是一個個別的行為，並不是集體共謀的一個犯罪行為。」
面對台北捷運公司有史以來最大規模的貪瀆弊案，捷運公司只是依照去年11月到12月，1個月悠遊卡進出異常的狀況，就追出127人涉案，但照合理判斷，時間更早之前，這樣的情況就應該存在，那麼如果捷運公司真要追出這匹害群之馬，只怕弊案的雪球還會再越滾越大。
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