台南縣傳出雞隻禽流疫情後，民眾竟然在下營鄉的將軍溪內發現大量被丟棄的死雞，現場惡臭難聞，附近居民十分恐慌；而嘉義縣六腳鄉被檢驗出有禽流病毒的養雞場，因為雞隻已經被管制，雞農只好無奈地放火把死雞給燒了。
溪裡到處都是死雞，就這麼與布袋蓮一起漂浮在水面上，有的雞甚至還沒有死就被丟棄在這裡，現場惡臭難聞，附近居民擔心這些雞可能是感染禽流暴斃，是否因此污染水質環境，讓他們憂心忡忡。
大埤村長邱榮貴：「這禮拜內，正月初(發現的)都沒人敢從這過，臭死了，偷倒不只幾隻而已，幾千斤倒在這裡。」
至於被檢驗出受到低原性禽流病毒感染的養雞場，雞隻暴斃的情形持續發生，再加上養雞場的雞隻出入受到管制，死雞不能運出雞農只好自己動手，焚燒死雞。嘉義雞農：「(死雞)也不能車運出去，不然還可以找人處理，叫不到工人也沒辦法啊！(死雞)應該是要焚燒，用這樣燒也不是辦法，(送到焚化廠)燒才沒有污染。」
目前在台南縣被驗出有低原性H5N2病毒的養雞場有一處，而在嘉義縣有三處養雞場的病死雞送檢，已經確定有兩處驗出低病原性病毒，雖然都做了雞隻的管制，不過要不要撲殺還在評估。
至於外界擔心的私打禽流疫苗，造成疫情擴散的問題，主管單位說已經加強管制。嘉義縣家畜疾病防治所技正曾國恩：「禽流感疫苗在養殖場裡是否有使用，已經加強在養殖場裡的輔導。」
主管單位也強調，如果發現雞農自行注射疫苗，導致弱病原病毒感染雞隻，就算強迫撲殺病雞，也不會給予補助。
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