陳總統考慮廢除成立16年的國統會，和推動兩岸統一的國統綱領，當時參與運作的國統會委員，蔣孝嚴和蘇起，憂心美國和對岸，可能會生氣而有所動作，國民黨主席馬英九更說，陳總統怎麼可以違反他的四不一沒有原則。
聽到陳總統考慮廢除國統會，馬英九一付難以置信的表情。
（前國統會委員）國民黨主席馬英九：「沒有廢除國統會，跟廢除國統綱領的問題，這個承諾，他在2004總統就職，他又再度重申一遍，我們在野黨會用從這樣角度看，他曾經承諾的事情又跳票了。」
陳總統考慮廢除的國統會，成立在兩岸開放探親後的1990年，當時擔任總統的李登輝也宣示制定國統綱領。三階段的目標，就是從互惠、互信的基礎，朝向遠程目標的共商統一大業。
每一階段都是由教授擬定研究方向，再由大委員，也就是總統、五院院長定奪，當時前民進黨主席黃信介，以「反對統一」為由，也加入運作；當時的高雄市長謝長廷也是委員之一。
國統會從1990年到1999年，每年一到兩次會議，都在總統府內進行，直到陳總統上任之後，就由兩岸跨黨派小組取代，事隔六年以後，又釋放出可能廢除的風向球，曾經擔任國統會的委員，十分悲觀。
（前國統會委員）國民黨立委蔣孝嚴：「它有象徵意義，沒有妨害嘛！就像我們一個盲腸一樣，沒有發炎
為什麼要動手術割掉呢！」
（前國統會委員）國民黨立委蘇起：「恐怕兩岸關係開始更緊張了，現在只是會，美國會生氣，大陸會憤怒，可是不知道會不會採取動作。」
16年前，李登輝宣示要光復大陸國土，所以成立了國統會，現在時空環境改變，加上陳總統調整路線，讓國統會很有可能，在民進黨執政時，變成歷史名詞。
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