馬英九在確定副手人選之後，也要比照當年陳水扁總統選舉時的方式，成立國政顧問團；馬英九在尋找副手的過程中，和企業、學界的菁英對話，也形成了不少共識，因此這些意見領袖都有可能是馬英九顧問團的成員！
馬英九終於確定蕭萬長就是他的副手搭當；在尋找搭當的過程中，馬英九跟各界領袖請益對話，和這些菁英形成共識，因此也確定將組成國政顧問團。國民黨總統參選人馬英九：「我們一定會組成顧問團，因為太多問題需要各界指導，一定會擴大團隊陣容，海納百川。」
而馬英九的國政顧問團可能會有哪些成員，包括學術界、企業界人士；一度擔任副手呼聲很高的統一集團總裁林蒼生和前台大校長陳維昭、前宏�集團創辦人施振榮，他也曾經是陳水扁的國政顧問團成員，以及前教育長曾志朗。
還有在副手人選以及重大決策上給予建議，也是馬英九的好友東吳大學劉兆玄，陪同馬英九出國訪問的，前經濟部長尹啟銘、前國科會主委薛香川、電子時報社長黃欽勇都會是重要的顧問。
而當年陳總統在選舉時，也推出國政顧問團。總統陳水扁(2000.3.10)：「阿扁順利當選台灣的總統以後，能夠有國政顧問團，協助阿扁處理國政。」
包括了中研院長李遠哲、大陸工程董事長殷琪、奇美董事長許文龍、長榮集團的張榮發，以及雲門舞集創辦人林懷民等人；這份包含國內多位重要企業家的亮眼名單對於為陳水扁背書確實有些加分效果。
只是，後來這些顧問團成員對於扁施政理念有不同意見，彼此就漸行漸遠！有陳水扁的前車之鑑，馬英九的團隊要如何讓選民，有耳目一新的感覺，這是對馬英九的考驗！
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