針對蘇建和三死囚案，高院判決出現逆轉，更一審再判死刑，李昌鈺得知這個判決結果表示，「尊重法庭判決」，不過李昌鈺說，不管是他個人，或者是台灣人民，聽到有人被判死刑，應該都高興不起來，李昌鈺強調，他只做刑事鑑定，法官的判決，他不予置評。
得知蘇建和三死囚案出現大逆轉，還指出李昌鈺的意見證詞「臆測」和「悖離事實」，李昌鈺說，他尊重法庭的判決。國際刑事鑑定專家李昌鈺：「為了三個人的生命，我有一點感慨，你不能說跟我相同法官就對的，跟我不同法官就錯的，不能這樣子的解釋，你為了三個人要執行死刑，沒有任何一個人會高興。」
李昌鈺說，這個案子可惜在於當初證據保存不足，而且多方意見充斥，不過他還是堅持，他提出的意見。李昌鈺：「這個牽涉到太多層面，就麻煩了，假如說就是這三個人，那沒有問題，我的意見認為，三個人的可能性比較少，有一個人的可能性。」TVBS記者張家齊：「根據這些證據，您做鑑識的部分，所提供的專家意見，是沒有更改的？」李昌鈺：「沒有更改的。」
國內第一起引用「專家證人」的案例，結果卻不被法庭接受，李昌鈺說，無論如何也算是司法的進步。TVBS記者張家齊：「如果有機會，您還會回台灣作所謂的專家證人嗎？」李昌鈺：「會！當然會，因為一個司法制度的改革，一個國家的進步，都要經過很多年的努力。」
或許判決不符李昌鈺的期待，但他強調，只要建立重視證據的制度，台灣司法必然有新形象。
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