近年來，因為屏東縣府大力推銷，讓小琉球的遊客倍數成長，從之前一整年19萬名遊客，現在光是暑假2個月就能突破10萬人，預估今年的遊客數可以成長1倍；只是遊客一多、髒亂就來，小琉球上的海灘被丟滿垃圾，就連著名的潮間帶，也被民眾把玩生態動植物，甚至如雨後春筍般竄出的民宿，現在超過上百間，卻只有22間民宿登記合法，等於高達8成都是非法營業。
每到週末假日，屏東東港通往小琉球的渡船頭，就被遊客擠得水洩不通，25分鐘的航程就能把遊客帶離本島，來到很有度假「FU」的小島上。
海水清澈，只要在岸邊浮淺，就能看到自然生態，晚上還不怕沒事做，可以夜訪潮間帶，馬糞海膽、鳳凰螺，4、50種豐富生態，成了最天然的教室；可惜的是，遊客一多，破壞也跟著來，有小朋友拿起水中海星就往頭上戴，就連沙灘上也被丟滿酒瓶、菸蒂。民宿業者：「把(海膽)打開，就把(海膽)挖起來帶回家。」
根據琉球鄉公所統計，小琉球遊客人數從3年前的19萬名遊客，年年增加，到了今年已經上看40萬人，甚至在今年暑假2個月就已經破10萬人，等於整整成長1倍之多。
遊客多、當然民宿業者也嗅到商機，島上有色彩鮮豔的峇厘島風格民宿，還有業者打造出希臘風白色建築物，面對整片海景，更有度假的氣氛；但小琉球上超過百間的民宿，卻只有22間登記合法，有4/5的民宿消防安檢沒合格檢測，甚至還有民宿標示滅火器地方，放的卻是垃圾桶，安全令人憂心。
近2年來，因為屏東縣府大力促銷，讓小琉球成了超HOT景點，但遊客缺乏公德心，加上當地民宿非法營業居多，都成了小琉球發展觀光之路上的絆腳石。
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