洪仲丘案全國關注，紛紛擾擾近1個月，軍檢火速起訴18名官兵，這讓真相大白了嗎？還是衍生出更多疑問？甚至讓國軍在國民心中產生信心危機？【搶救台灣大兵】專題報導，要帶您從起訴書當中，已經說明的，跟沒有說出口的內容，抽絲剝繭，瞭解這個案子，究竟還有哪些尚未解開的迷團？也藉由這樣的分析，讓全民共同監督國軍改革。
洪仲丘案喧騰將近1個月，一場記者會，一份起訴書，能不能平息眾怒，有沒有毋枉毋縱，還是終究疑點重重。律師王志超：「它對於那些所謂的陳毅勳的上級主管，上級的長官，他到底有沒有共同涉犯有所謂的凌虐部屬致死的問題，這個起訴書完全沒有提到。」
儘管全案，有18名官兵遭到起訴，但只有禁閉室的管理士，陳毅勳1個人，被認定他的凌虐行為，跟洪仲丘之死有因果關係，適用刑法的，上官藉勢凌虐軍人致人於死罪嫌，其他從旅長沈威志，到士官長范佐憲等6人，都是被認定為涉及刑度比較輕的，共同對部屬施以法定種類以外之處罰，以及共同職權妨害自由等罪嫌，這讓外界質疑，官階小的陳毅勳，會不會只是個犧牲品？律師馬在勤：「陳毅勳到底目前他講的是實話，還是經過設計過策劃過的代罪羔羊，目前不得而知。」
王志超：「因為他是下手實施的那個人，起訴他，大家最沒有意見，然後其他人不起訴，或許有空間在，那起碼他只起訴這個人，沒有任何人會有意見。那相形之下整份起訴書看起來，就是他很像一個小兵去擔負最大的責任，幫大家脫罪的感覺。」
根據軍方的說明，軍檢在詳查電話通聯記錄後，因為找不到有其他長官，向陳毅勳施壓的相關對話內容，因此認定凌虐行為，是陳毅勳一人所為，但曾經擔任檢察官的，法界人士認為，這樣的認定很有問題。
王志超：「其實我覺得他們用通聯記錄來做為他認定的一個理由，我覺得這個是比較荒謬。為什麼？因為他們都在部隊的人，部隊的人有可能說還打行動電話，去跟長官講說，我要怎麼做怎麼做，當然就是部隊有請傳令去傳達，甚至說部隊有所謂的內線，他們打內線就好了啊，何必還要去用打行動電話，留通聯記錄，來讓這種行為曝光。我覺得用這樣的證據來支持，我覺得相當相當地不可靠。」
資深司法記者也指出，542旅士官長范佐憲，曾經兩度前往269旅禁閉室，究竟為了什麼，又做了什麼，起訴書上隻字未提。資深司法記者胡孝誠：「范佐憲你今天到那邊去，為什麼會就這麼湊巧呢？是不是因為范佐憲他有做了一些什麼樣的事情，是親自下指導棋去操洪仲丘，還是他有去交代，有可能是陳毅勳或是其他禁閉室的戒護士，做了一些什麼樣子的指令出來？這個部分上面都沒有提到。」
依據起訴書上的描述，洪仲丘會死亡，是因為陳毅勳在7月3日，6點34分到7點44分之間，對他施以超越一般人，體能所能承受程度的訓練，因此是陳毅勳一個人的責任，但導致洪仲丘死亡的原因，真的就只因為是當天的這場訓練嗎？
馬在勤：「我覺得要下比較多功夫的應該是法醫的驗屍報告，他到底被凌虐，一直到死亡他的凌虐時間點，難道就是送醫當天那麼短嗎？因為有部分的法醫說，有可能前一兩天就已經過頭了，他是一種累積量，那這段時間如果一拉長，那就不一樣了。」
也就是說，如果法醫認為，洪仲丘死因不只是當天的過度操練，那麼之前幾天，參與操練的軍士官，就會同樣是必須追究的對象，在起訴之前，軍檢還有一個不同於過去民間辦案經驗的作法，就是第一時間，沒有收押陳毅勳，導致他有串供、或者被要求，一肩扛下責任的可能性。
馬在勤：「因為從偵辦的過程當中，我們發現陳毅勳不是第一個被收押的，而是飭回好幾次以後，才被收押，我們可以發現這個辦案的過程，的確跟一般的辦法不一樣，也會難怪引起別人會質疑說，你是不是讓陳毅勳多次飭回，讓他飭回，作為某種交換條件，這個會讓別人起疑竇。」
另一方面，起訴書上花了相當篇幅，描述洪仲丘的各種行為，如何引發長官眾怒，導致他們心生不滿，也被解讀為，是軍方在自我合理化，凌虐的犯意。
王志超：「我覺得，他一定要把洪仲丘塑造成一個不好的人，他們才能那個動機去做這個事情，可是事實的真相，是不是真的是洪仲丘因為是這麼不好的人，讓他們心生不滿，還是洪仲丘知道他們很多的秘密，想要舉發他們，或檢舉他們，才讓他們心生不滿，我覺得這是不一樣的概念，而且對洪仲丘來講是非常不公平的，因為他已經死掉了，他沒有得去解釋這個事情。」
還有一點起訴書上，沒提的事實是，陳毅勳不是合格的戒護士，讓他擔任戒護工作，是不是無法拿捏操兵尺度，進而造成遺憾的後果。胡孝誠：「本來戒護士就是要受過訓練的，有些訓練的課程，那如今269的這個禁閉室的戒護士，顯然沒有經歷過這些課程，如果沒有經歷過這些訓練的話，你就讓他來擔任這樣的一個職務的話，應該是所謂的，我們講說制度毀人，或者制度殺人這種情況。」
針對這一點，國防部也坦承疏失，強調會檢討改進。國防部發言人羅紹和：「這次的事情發生之後，我們國防部也痛定思痛，對於這個戒護人員，我們也要加強訓練，讓他們具備基本醫護技能，要有法制概念。」
整體來說，檢視整個起訴內容，曾經在軍事審判單位擔任組長的，法律學者李維宗分析，這份起訴書，著重行政疏失的部分，重點比較像是想要給媒體一個交代，但是對民眾關心的許多實質問題，例如教訓洪仲丘的動機，以及軍士官們的共同犯意，都沒有說清楚，無法讓外界心服口服，真要做到毋枉毋縱，接下來的審理與判決過程，將是下一個觀察重點。
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