軍檢偵辦洪仲丘案，依照慣例，起訴書都會呈報軍法司，再送到國防部長，親自過目提點，但法界人士質疑，該是獨立辦案的軍法系統，在這種報備流程中，有時候會迫於高層，更改或影響起訴結果，像是江國慶案，當時空軍作戰司令陳肇敏，就直接訊問嫌犯，正因為被告江國慶，向他下跪自白犯案，速審速結，似乎沒經過軍檢系統偵查。
記者趙國涵：「軍檢辦洪仲丘案，依照慣例偵查後的起訴，會呈報行政機關軍法司，再上呈到最高層級，也就是讓部長親自過目提點，只是偵查應該獨立，這樣的報備程序，在洪仲丘案中格外敏感。」
前北檢檢察官王志超：「軍檢再怎麼樣，也是報給所謂的檢察長，去了解這個事情，那假設它報給國防部長，假設國防部長覺得說，你的起訴或不起訴，我不認同呢？那軍檢在這份起訴或不起訴書，該怎麼做認定？我覺得這部份是相當有疑問。」
前北檢檢察官分析，軍方體系，內部分為檢察及行政，2套系統，該是獨立辦案的檢察機關，最高層級就是檢察長曹金生，但軍方辦案，卻不同於一般檢察機關，還得向國防部長親自過目提點，行政系統，變相凌駕檢察系統，特殊體制，早有先例。
前國防部長陳肇敏 (2011.01.31)：「他(江國慶)跟我道歉的。」記者 (2011.01.31)：「所以他當時跟您道歉，有下跪是不是？」前國防部長陳肇敏 (2011.01.31)：「對，他自動的。」記者 (2011.01.31)：「所以他當時是在您面前認罪嗎？」前國防部長陳肇敏 (2011.01.31)：「對。」
民國85年，台北市空軍作戰司令部，發生5歲女童遭姦殺命案，軍方成立專案小組，速偵速結，1個月破案，時任空軍作戰總司令陳肇敏，曾說過，士兵江國慶，向他下跪自白犯案，當時的破案關鍵，如今卻掀起外界疑問，該是獨立審判的軍法制度，為何作戰司令，能接觸訊問嫌犯？整起案件，似乎沒經過軍檢系統偵查，現在洪仲丘案，也正走著同樣流程，案件經由軍法調查，起訴及不起訴，同樣都得經過部長的手。
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