洪仲丘的案件已進入司法程序，由於涉案人員屬於現役軍人，因此是交由軍事檢察官調查，未來也將由軍事審判官進行審理，不過外界質疑，軍事檢察官和審判官都隸屬於國防部，恐怕會有球員兼裁判的問題。
記者：「發生洪仲丘的事情…？」民眾：「我們也很抱不平。」
民眾對洪仲丘遭遇，忿忿不平，如今在社會輿論壓力下，全案進入司法程序，軍方也陸續對涉案人，做出調查和懲處，不過曾參與江國慶案的律師和民間司改會都擔心，由於軍事法庭和軍事檢察官，都隸屬國防部，恐怕球員兼裁判，讓審判公正性 遭到質疑。
江國慶案辯護律師黃達元：「理想跟現實的一個落差，你基本上這些軍方法官，他一樣是有軍職、有軍階，其實他一樣有上級，那你期待這樣的人，來做出獨立的一個審判，其實這個是有點兩難啦。」
民間司改會執行長林峯正：「像江國慶案子的時候，其實所謂追究責任，你看到現在為止，追究了什麼責任，刑事責任都不起訴啊，再來包括要求償冤賠金，到現在國防部說要打這個求償官司，你去看他們開庭，國防部的人一來，反正我什麼都沒準備，他跟你皮到底。」
根據軍事審判法規定，只要現役軍人，觸犯陸海空軍刑法，都得交由軍事法院審判，洪仲丘一案，自然比照辦理，但法律專家點出，洪仲丘一案送進軍事法庭後，接手的審判官、檢察官，卻都隸屬國防部，自己人審判自己人，恐怕有瓜田李下之嫌，因此外界呼籲，應該把洪仲丘的案子，交由公正第三方，也就是隸屬於司法院下的普通法院審理，曾擔任前總統陳水扁委任律師的，顧立雄同樣認為，一般法院檢察官介入調查，有其必要。
律師顧立雄：「軍事檢察官，在現行他的身分保障不足的情況之下，他在現行沒有辦法，讓我們人民能夠，完全的相信他們，能夠公正調查的情況之下，那一般的、這個法院的檢察官能夠介入，我覺得是有必要的。」
民間司改會執行長林峯正更指出，雖然軍事審判法規定，被告軍人可進行上訴，到一般法院的最高法院審理，表面看似獨立公正，但癥結點在於，未來一旦軍事法庭的判決結果，是高高舉起，輕輕放下，被告自然不會上訴，洪仲丘案，也不過是重演江國慶案的翻版，民間司改會批評，台灣在軍事審判中，軍事檢察官和審判官體系，缺乏公正性，最遭人詬病，與警察同屬行政體系的國防部，有權力判人生死，或剝奪人身自由，也同樣缺乏正當性，因此大聲呼籲，應該讓軍事審判，走入歷史。
林峯正：「你去問軍法司，他一定告訴你，我們現在如果被告不服的話，可以上訴到普通法院的最高法院，好吧，現在這個案子裡面，被告是那些肇禍的人，那些肇禍的人如果被輕判，如果根本沒有被起訴，他們會上訴嗎，他不會啊，所以案子根本就不會，出軍法的範圍裡面啊。」
看看德國和法國，軍人觸法，多半交由一般法院審理，德國軍人觸犯軍刑法，都會送進普通法院旗下的軍事法庭，而沒有所謂的軍事審判，對照法國，全法國只有一個軍事法庭，專門審理軍人在國外的犯罪行為，其餘則交由普通法院審理，因此有民進黨立委進一步提議，未來軍人違規失職，必須經過獨立第三方的懲罰法庭審理，不能像過去一樣，由軍方逕行關禁閉或送管訓，但法律專家 有不同見解。
黃達元：「現在的這個軍事法院，還是有它存續的必要性，不能因噎廢食，不能因為說可能有(不公的)這個問題，就全部把它廢掉，因為軍事案件如果，由一般法院來審理，我想會有一段很大的落差，為什麼？因為軍事的事情，有些涉及到軍事機密。」
軍事檢察官正積極調查洪仲丘案，未來對相關人等提起告訴，並進入軍事法庭後，審判官在僵化的體制下，能發揮多大公正性，社會各界將密切關注。
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