廣大興漁船案，雙方調查團比對了「證詞」、「彈道槍枝」、「航行圖」等等，我國採證結果也已經出爐，確認行兇的有「2把槍」，雖然菲律賓公務船指揮官，在接受台灣調查團偵訊時堅稱，是因為遭到廣大興漁船衝撞才開火，不過其他11個證人當中，卻有8人表示「並無衝撞」，還有人表示指揮官下令開槍，不敢開槍的人會被罵，槍枝卡彈立即換槍繼續打，整個過程宛如追殺小船，「故意殺人」意圖相當明顯。
調查局車輛上9名嫌疑人，戴著墨鏡，還用手遮掩，眼看被媒體包圍，甚至拿出毛巾、白紙擋住玻璃窗，台灣調查團一邊播放影片，一邊偵訊菲律賓公務船上的指揮官和海巡隊員。
有證人供稱，指揮官一聲令下就開槍，不敢開的會被罵，開槍時卡彈就立刻換槍繼續射擊，手段兇殘，指揮官態度更是強硬，堅稱是漁船先犯規衝撞才開火。
TVBS記者陳乃瑜：「29日的時候(台調查團)就已經見過指揮官，他的態度相當惡劣，而且宣稱，他堅稱當時是遭到廣大興號的撞擊。」
不過指揮官的說法卻和另外8名證人相牴觸，他們說台灣船沒有衝撞，大部分的證詞對台灣有利，菲方同意公布的影像，清楚記錄槍擊事件，也成了台灣調查團偵訊時有力的依據。
18人的證詞取得之後，到底有沒有衝撞，就看2船的航行路徑紀錄，GPS定位船隻路徑，台灣漁船沒有可疑動向，找出相對位置，再加上最後槍枝彈藥的比對，找出兇手。
菲律賓調查團，除了在現場採證之外，還到刑事局觀看「試射影片」，還原漁船遭受槍林彈雨的那一刻，不過船上75個彈殼碎片，只有其中2枚完整，應該來自同1把槍，彈道路徑、槍枝型號，和彈頭三方面比對，釐清兇手有幾人，如今我國槍枝彈藥的比對結果，已經出爐，確認射殺的有2把槍。
屏東地檢署主任檢察官謝志明：「從菲方帶回來的14把槍，總共40個彈頭，跟我方3個可以比對的彈頭之間，目前已經比對2隻特定的槍枝。」
到底是哪2支槍，檢方表示，要暫時保密，僅僅透露，其中1把，就是射死漁民洪石成的犯案工具，這同時也代表，嫌犯呼之欲出，雙邊平行調查，5月9日當天，南下捕魚的廣大興號，遇上菲律賓船隻，根本來不及全速駛離，2船靠近時，步槍猛烈攻擊，所以彈孔大部分集中在同一側，直到船隻失去動力，雙邊調查證據相互拼湊，真相脈絡逐漸浮現。
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