為了調查廣大興28號漁船射殺案件，台菲啟動平行調查，菲律賓派8人來台，他們原本提出要相驗死者洪石成遺體，但家屬反對，最後以之前的相驗影帶代替，似乎為了表達立場對立，台灣調查團也派了8人在早上7點半，前往菲律賓馬尼拉，一下飛機就會舉行行前會議，希望能完成10項要求，包括檢視菲國公務船的錄影資料、勘驗槍枝船隻，以及詢問涉案人員等等，尷尬的是，台灣調查團其中3名檢察官，因為簽證問題延遲登機。
一行人整齊西裝，搭機準備前往菲律賓馬尼拉，早上7點，台灣的司法調查團8人，由屏東地檢署主任檢察官帶隊，還有刑事局國際刑警、鑑識、測謊專家，尷尬的是，檢察官簽證出包，無法出關。
記者：「上一次去無功而返，會不會擔心這次也是同樣狀況？」刑事局國際科組長李佳進：「這一點我們倒不用擔心，我想相關單位都協調好了吧。」
台灣團3人得等到下午才能前往馬尼拉，但不影響刑事偵辦進度，菲律賓國家調查局同時也派人前往台灣，簽證都沒問題，順利入境，穿著黑色外套的就是外事處處長德干佐，成員包括鑑識、彈道、法醫專家。
兩者雙方比較，一早搭機，幾乎同時間抵達對方國家，同樣派8個人，而且都預計停留5天；比較行程，雙方在第一天都要先行前會議，第二天到對方的偵辦主導機構，研究偵查報告。
台灣團可能在NBI檢視，公務船上的案發影帶，第三天，菲團要看廣大興漁船，我方要求看開槍的公務船，以及勘驗槍枝，預計5天完成任務。
人數相當、行程類似，按照慣例「平行調查」，應該是雙方一起，先在菲律賓合作調查，再到台灣勘驗，但這次是分頭進行，最後再資料彙整，刑事調查事關國家外交、政治因素，合作調查卻是分頭行事。
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