檢調再度搜索扁辦，帶回40多箱證物，但令辦案人員驚訝的是，其中竟發現有國安局、調查局等單位的公文影本，甚至有蓋了「機密」的公文正本！雖然國家機密保護法規定，只有「絕對機密」文件不得複製，但陳水扁若被查證，卸任後帶走機密公文正本，可能涉嫌非法收集或隱匿，最重可處5年徒刑。
二度搜索扁辦，讓辦案人員大開眼見，因為至少查扣了6箱和國安局有關的資料，而且都被分門別類，包括90年8月1日到11月28日、92年6月10日到9月17日、92年5月6日到29日，依時間分門別類。
令檢調傻眼的是，其中有部分是機密公文正本，而且是檢察官陳瑞仁，當初向外交部、國安局函查前總統李登輝，鞏案秘密外交和可能海外資金的調查報告，懷疑可能又是葉盛茂洩的密。
檢調查扣的40多箱證物，還有軍方情報、外交部、調查局的定期報告，大部分是影本。國家機密保護法規定，絕對機密不得複製，所以就算以上機密文件被複製帶走，並無洩密刑責；但問題在於陳水扁卸任後等同喪失機密特權，國家機密保護法18條規定，複製物應編號、並標明存置處所，否則非法刺探收集、或帶走機密文件正本，涉嫌隱匿罪，最重可判刑5年。
當了8年總統，陳水扁掌握的情資，不是幾天就查得完；檢調一出手又有新斬獲，國務機要費、海外密帳案，一波未平一波又起。
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