就在偵辦阿扁境外洗錢的同時，特偵組也同步在偵辦陳前總統的國務機要費案；事實上，陳水扁領取的國務機要費，8年最多4億，特偵組認為，和境外洗錢案之間的資金可能互有關聯，但是金額又不及洗錢案已經曝光的數目，所以將採取切割策略，一旦國務機要費證據先查辦完成，可能就會先予以結案，起訴陳前總統！
就在1天前，蘇志誠現身特偵組，原來是要被詢問，當時在李登輝任內國務機要費該怎麼核銷？根據蘇志誠的證詞，所有的發票和單據核銷的部分，當時都照實核銷，沒有收集發票報假帳的情形。
蘇志誠這番話，也讓特偵組對於陳水扁使用國務機要費是合法、違法，有了新證，初步認為沒必要傳喚李登輝。特偵組認為，陳水扁每年領取5千萬的國務機要費，8年下來經費加總最多4億，遠遠小於被艾格蒙聯盟發現的7億鉅款。
也就是說，在國務機要費和海外洗錢這兩案中，資金可能互有關連，線索能夠互相支援，也可以分開結案。在清查第一家庭資金流向，還需要時間突破之際，最後國務機要費先結案的機率比較高，還有不少疑點需要釐清，特偵組將再次傳喚陳水扁等5名被告到案說明。
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