馬謝第二次辯論正式揭開，與第一次辯論不同的是，辯論問題不在網路上先曝光，而是5大媒體輪流提問，馬謝2人互相詰問各10個麻辣問題，這場辯論會完全拼實力和現場反應。
避免拍背風波，2人握手致意，馬英九高舉「耶」手勢，謝長廷則比出「讚」，其中寓意，讓人會心一笑。
在第一階段的個人申論，抽籤後，由國民黨總統候選人馬英九先行論述，他先從經濟問題著手，痛批在扁執政的8年內，台灣經濟直直落；另外就政府貪瀆問題，也讓人民失望透頂；對於台美關係，也漸行漸遠。
批評扁政府，馬英九提出許多弊端，並拿出利多，描繪出台灣的經濟遠景。
反觀民進黨候選人謝長廷，他以中華隊連贏2場為開場白，諷刺馬英九的負面批評，反而提出和解共生。他表示陳水扁時代過去了，也提到2航直航、開放好處，但這一切的益處，需要在台灣主權的前提下，並重申反對一中市場的立場。
一中市場，「中國不照顧大陸農民，反而照顧台灣農民」，謝長廷譏馬不切實際，還承諾一旦當選總統，一定比馬英九還好！
教育部去中國化、去蔣化的大動作，要如何和解共生？謝長廷認為，和解共生不是妥協，不是消滅他人，而是包容，因此完全去中國化是不可能，但民主化和台灣化，是必然的趨勢。
馬英九表示文化和教育應該用更守法、民主的手段，批評「大中至正」拆除的動作，還諷刺謝長廷的「和解共生」，口號漂亮，但難以做到。
至於憲法的一中精神，是否和不統不獨不武有所違背？而扁政府的四不一沒有，是延續還是推翻？馬英九重申，他主張的不統不獨不武與憲法精神並不違背，以前有違背是因為把中國大陸視為台灣領土，但之前已經修憲，因此兩岸條例沒有法理上的問題。
謝長廷譏諷馬英九又在罵自己，因為中國從未善意回應，還說如果當選總統，絕不提出台獨公投。
在經濟面上，要如何度過全球性通貨膨脹的危機？謝長廷反對以開發對抗，因為這只會助長通貨膨脹，還批評馬英九的以預算涵蓋，完全是不懂、不可行的策略。他認為不能擴大內需，在物價上漲的情況下，這會債留子孫；他還重申反對陸資炒樓，會導致許多年輕人、基層勞工買不起房子。
馬英九認為在石油漲價、美次級房貸低迷的情況下，要擴大內需，應該要以增加人民所得，來解決通膨的問題，還質疑謝長廷反對擴大內需的說法，因為擴大內需已經在努力進行了。馬英九：「為什麼你能做，我不能做呢！」
兩岸談判問題，馬英九站穩立場，認為要先把飛彈撤除，而且是平等協商下，才會談判，要求同存異，就緊迫的問題先坐下來談判。
謝長廷則提出政績，表示在行政院長任內，達成兩岸貨運包機，也間接達成現在兩岸直航的春節包機，並質疑馬的平等協商策略，大陸承認台灣主權地位，可行嗎！
反躬自省，2位候選人的缺點要如何改進？謝長廷打苦情牌，他表示如果當選總統，而且是個少數在野的總統，勢必戰戰兢兢，因為一旦犯錯，2/3國會就能免他。另外，民進黨任命的許多部長，換人太頻繁，謝認為也應該要改善。
馬英九貼近民眾，指出會多傾聽民眾聲音，抓住台灣脈動，並發揚台灣的核心基本價值，善良、勤奮、進取、包容和踏實，如果與這些基本價值相違背，會反省自身；另外，對國民黨也要堆動改革，讓國民黨變的更好。
在2人交叉詰問時，以民調做為工具，互相攻擊。馬英九：「剛剛謝院長說總統會做的比我好，在你擔任行政院長時，年代民調顯示有44%，卸任時只剩22%；蕭萬長擔任行政院長時，上任有70%幾，921後也有50%幾。你是民進黨行政院長民調最低，也是近年來行政院長民調最低的。你做總統怎麼會比我好！」
謝長廷則以特別費案反擊，認為馬英九任內的貪污比例是最多的，還是第一位以貪污罪被起訴的總統候選人，在馬台北市長任內，更是從第1名掉到第8名。謝長廷：「雖然我做的比其他人差，但只要贏你就好。」
雙方唇槍舌戰，互相攻擊，讓這辯論會添增不少火藥味。
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