衛福部針對「部桃專案」津貼獎勵推出強化版，對收治病人醫院，申報健保費用，加成100%作為醫療機構獎勵。但護師工會表示，這些津貼都得先通過醫院統一申請，怎麼發，能拿多少，都沒有說清楚，已經有很多醫護投訴，到現在都還沒拿到津貼，質疑公平性。對此陳時中回應，醫院不可能故意不申報津貼。
台灣護師醫療產業工會理事長陳玉鳳：「加成100%裡面這個東西，沒有說的很清楚，因為沒有具體明確說，要給醫院多少要給工作人員多少，有可能導致於，相關人員是拿不到費用。」
對津貼發放沒信心，是因為現在的方式，是透過醫院統一申報，再發給前線醫護，但不少人反應，錢先經過醫院，就會有分配的問題，有部桃員工形容，基層醫護領到的防疫津貼不成比例，領到的時候只剩餅乾屑。
台灣護師醫療產業工會理事長陳玉鳳：「市立聯合醫院，(津貼)前面先給八折，後面的兩折到現在都沒有拿到，甚至還有些護理人員也表達了，醫院把錢扣住了。」
津貼怎麼發才公平，有一線醫護主張，不要透過醫院，直接匯給醫護人員，陳時中這樣回應。
中央流行疫情指揮中心指揮官陳時中：「我們不太可能，自己去了解你加(班)了幾個小時，那還是要醫院造冊來申請，防疫津貼裡面，醫院不可能有上班故意不報，因為這是純粹和醫院費用是完全無關。」
被認為不公平的，還不只津貼，有部桃護理師向媒體投訴，在爆發院內群聚感染後，他到地方法院遞訴狀，但法警知道他在部桃工作後，竟阻擋她進入法院，護理師痛批，這根本是歧視，但對此桃院發聲明反駁，經過調查，確認並沒有法警阻止護理師進到法院。
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