目前全台灣防疫旅館有九千個床位，但旅客每晚1200元的補助費用，政策將在8/31截止，如此一來不少旅館已經悄悄調整價格，有業者直接漲回沒補助的原價，漲幅超過六成，對此不少即將來台的境外生就抱怨，防疫旅館一住15個晚上，等於要多花一萬八，根本吃不消。
旅行社接洽，當大學與防疫旅館窗口幫忙境外生找房間，北部8所，中部2所大學，交由他們負責，但目前除了房間不好訂，就連房價八月和九月也不同，以北市這家商旅為例，從8/26到9/14，最便宜三種房型，1800到3000元全客滿，只剩高價位有空房，但註明九月恢復原價，最便宜A房型，要從1800元漲回3000元，漲幅超過六成。
巨弘旅行社經理許文彰：「其實不是要賺錢，是因為防疫旅館本來的成本滿高的，因為它包含的很多一些防疫需要用的東西，另外它住完之後還會有靜置期，我一個旅客住進去之後，(給下一個人)時間拉長到18天。」
業者說政府收回補助，成本很難再自行吸收，旅宿業者過去是房價直接扣除1200元，未來沒了補助，價格將調漲500，1000或1200元。
疫情指揮中心指揮官陳時中：「在防疫上有必要的話，那交通部現也在積極爭取費用中。」
對此指揮中心，不敢保證補助能延續，只說還要再爭取，看看目前全台防疫旅館，有9000個床位，台北47家，3501房，新北12家，952房，雙北就占了近約50%。入住防疫旅館要16天15晚，舉例，八月每房每晚3000元，但九月開始變成4200元，住下來就多了一萬八，對學生來說根本吃不消。
根據教育部統計，境外生約有1萬人，截至8/25，已經入境4029人，預估未來2到3個月，平均每日入境數百人，時程會超過開學日，加上桃機七月份，平均每天入境人數超過1300人，防疫旅館可能會不夠，9/10後境外生將大量湧入，除了提撥500間集中檢疫所，恐怕還得增加更多防疫旅館數量才能因應。
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