馬英九上任的第1年，司法焦點全在扁家國務機要費跟海外洗錢案，前總統陳水扁遭上銬羈押的歷史性畫面，震驚國內外；但全案偵辦從一開始的大快人心，到檢察官被批評違反偵查不公開、法院併案，換法官違法爭議，加上通緝犯辜仲諒、劉家昌等人陸續回國投案，卻又沒有限制出境，甚至傳出交換條件，備受禮遇，法界痛心，認為司法形象嚴重受創，而民眾對於司法的信任度，也未見提升；就在就職週年前夕，馬總統震怒宣示，3個月內要交出肅貪成績單，但「限時破案」會不會變成形式上的「績效比賽」？對於馬政府的司法作為，法界憂心多於放心。
前總統陳水扁(97.11.11)：「政治迫害！司法迫害！」
震驚、遺憾，全球都在看這是台灣的第一次。陳水扁卸任後第175天，第5度接受特偵組傳訊，成為首位被羈押的卸任總統。陳水扁(97.11.05)：「馬英九裁示一定要把阿扁收押。」
馬英九(97.10.04)：「這不是軟腳、勇腳的問題，這是法律的規定。」
陳水扁高喊政治打壓，馬英九強調司法獨立，特偵組一路快狠準地偵查，扁案就像齣高潮迭起的連續劇，餵哺著人民的殷殷期盼，但羈押的正當性，及程序正義的爭議始終不斷。司改會執行長林峰正：「有人說不可能啊，那你要辦陳水扁哪有這麼容易，可是我要說陳瑞仁辦吳淑珍、辦國務機要費，他有先把資訊洩漏給大家嗎？檢察官沒有辦法嚴守偵查不公開，這是很大的敗筆。」
但法務部發函21次，要求嚴辦洩密，結果是，沒有結果；馬總統則說「尊重司法」，似乎忘了特別費案中他也吃過虧，還控告檢察官侯寬仁。
緊接著法院的併案爭議，更是直搗「釋憲」層級，司法節上諷刺陳水扁的短劇，又惹來司法專業倒退的批評，但這一切都比不上通緝犯回國投案，卻幾乎不設限的「司法創舉」。
或許是對馬政府有所「期待」，以為過去的政商恩怨，在改朝換代後能夠解套，但投案後依舊來去自如，法治標準何在？林峰正：「這些法官這些檢察官，是第一個要被譴責的，你們如果真的是因為換人執政，你就有不同的作法，也太作賤自己了吧！（高層）不要再告訴我不干預個案，你看這種情形，這是對司法形象一個最大的傷害嘛！」
2008年底中研院社會學研究所問卷調查，仍有超過5成民眾不信任司法，而且1年來立院通過的司法改革相關法律，除了兩條國際人權公約幾乎是零。在就職週年前夕，馬總統「震怒」責成相關部門，限時3個月內交出肅貪檢討報告。
這一聲令下等於宣布，檢察機關「績效比賽」開始，但在追求漂亮數字的背後，有多少證據的取得，可能迫於時間壓力，而違反了程序正義？3個月又能交出什麼樣的成績單？與其說期盼，各界更替馬政府捏把冷汗。
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