大陸武漢肺炎疫情不斷升高，中央流行疫情指揮中心決定擴大邊境檢疫，小三通入境金門的旅客，一律居家檢疫14天，要過境金門的，縣府會安排專人專車，一條龍的送往機場，全程有人幫忙買票通關，旅客要在車上待機，把傳染風險降到最低。
疑似就有小朋友體溫高，連同媽媽一起送醫檢疫。
金門縣港務處長何佩舉：「有問題救護車就會先載走，我們就會洽詢說，你是要前往機場還是金門籍的。」
為了防堵疫情，金門小三通旅客只要一下船，馬上會啟動處理流程，只是過境的話，縣府會派專人專車直達機場離境，過程都有人員協助購票通關，旅客全程都要待在車上候機，如果是要停留金門，縣府也安排了地方統一管理，居家檢疫14天。
小三通旅客：「今天是跟著人家，他說是一條龍的，我們坐車到機場是免費的，費用已經給他了，我也不知道，搞不清楚。」
有的旅客霧颯颯，到了才知道有新政策，也有提前掌握，認為這一切都是為了防疫能體諒。
小三通旅客：「我知道我知道，防疫政策，(會覺得變得麻煩嗎)，不會啊應該的，大陸現在那邊比較嚴重，(你知道這次回來要居家隔離嗎)，我知道啊，來回要28天啊。」
PTT有民眾爆料，疑似台商通訊軟體的對話，說現在搭小三通，只要是有廣東旅遊史就會強制就醫隔離，竟然還要大家填寫健康表時不要確實回報，還說檢疫醫療費用要自己出，但求證縣府，縣府表示檢疫民眾無須負擔。
不論這對話的真實性為何，但在疫情擴散的非常時期，為了防堵疫情，也要全民配合，就算不便也得據實以報。
因應武漢肺炎疫情，疾管署持續加強疫情監測與邊境管制措施，
如有疑似症狀，請撥打：1922專線，或 0800-001922，
並依指示配戴口罩儘速就醫，同時主動告知醫師旅遊史及接觸史，以利及時診斷及通報。
＊疾管署提醒民眾謹記「一不三要」戴口罩原則：
「一不」：開放空間不用戴口罩
「三要」：慢性疾病患者、有呼吸道症狀者、進出醫院者要戴口罩
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