陳水扁的律師提出偵訊光碟的內容，並未完整出現在筆錄，但這樣的策略，法界人士認為效果不大，因為這些筆錄的當事人自己都沒有提出質疑，而且，至今律師也沒有具體提出，有哪一個出現筆錄不實；就算勘驗後出現爭議，法官也可以傳當事人到庭陳述，就可以確認特偵組的筆錄，有沒有問題。
陳水扁律師質疑筆錄證據能力，但法界說目前意義不大。律師馬在勤：「真正最大的傷害力是指，除了被告陳水扁提出質疑外，辜仲諒或李界木，針對這樣的筆錄，也提出質疑的時候，這樣情形的殺傷力比較大。」
「都」質疑筆錄證據能力，最知名的例子就是馬英九特別費案，當時證人吳麗洳的錄音帶，針對「特別費是否因公支用」，筆錄上登載的是：沒錯，但錄音帶錄的卻是：這我不清楚；由於證人吳麗洳和被告馬英九雙雙質疑筆錄登載不實，再經勘驗後確認內容失真，才會由法官裁定不具證據能力。
不過，以陳水扁律師提出的名單，包括陳鎮慧和李界木都已經全部認罪，意思他們不爭辯檢方起訴事實，不可能會去質疑筆錄不實，剩下的只有辜仲諒辜成允，是不是會針對筆錄提出異議。馬在勤已發：「或者是法官說好，你阿扁的律師質疑，辜仲諒的筆錄，我就傳他來嘛，到庭陳述。」
律師強調，筆錄會被排除證據能力，最重要的是當事人如果到了法庭後，出現了不同於筆錄內容的供述，或是勘驗時比對光碟和筆錄時發現，筆錄根本不是當事人的原意；所以24日開庭，就會當庭比對，如果沒有差異，筆錄當然維持證據能力，有差異時，法官可以自行裁定，若是真的有問題，檢方就可以要求傳喚筆錄當事人出庭，請他們具結說明，是不是在特偵組時遭到斷章取義，還原真相。
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