地震發生在清晨很多人是準備起床、上班的時間，因此專責通勤的台鐵、高鐵、捷運公司都迅速啟動巡軌，其中影響最大台鐵，東、西部幹線都一度受強震停駛，班次從5點多開始到8點半消化不完，有區間車誤點嚴重直接取消，高鐵平均8點半前，也被延誤5到20分鐘，有民眾怕被颱風、地震影響提早來改票。
清晨5點28分突來的6.0強震，晃醒大家，不止被搖醒，更馬上影響要出門的上班族旅客們，6點發車間一到，台鐵高鐵捷運都有延誤
所有旅客擠在票閘口外，一大清早車站就塞滿人，很多人都怕車不開了或行程大延誤。
旅客：「本來有先預訂8點31(高鐵)，我們就先把它延後才改。」
旅客：「剛搭捷運就有延誤到，(剛捷運上就有被延誤到)，他開速度比較慢。」
旅客：「出門的時候沒想那麼多，來的時候發現好像有些受到影響，不過還好沒事。」
緊急換班次或提早出門，還有人正要去宜蘭玩，車有開鬆一口氣，但更怕去到宜蘭交通、天氣也大亂。
旅客：「看到它(班次表)那個已經都有晚20幾分鐘，不是說這次震央在宜蘭然後六級，(就是你們要去玩的地方)(會特別擔心嗎)滿擔心。」
高鐵直到8點半前陸續解決班次誤點，從地震後苗栗以北路段，因為測得40Gals以上地表加速度，列車就得限速在70公里，台鐵影響更多，第一時間西部幹線東部幹線都被延誤，宜蘭到南澳花蓮到鳳林，一度因為地震達4級以上停駛，從七堵到桃園一路去新竹列車也誤點，甚至有區間車前面班次來不及直接停駛。
地震後三小時內還有列車誤點45分鐘，直到9點51恢復正常，影響55列次大約8750名旅客。
台北捷運則在6點前完成慢速巡軌後發車，機捷首班往返機場列次延誤20分鐘，地震耽誤旅途，但也讓旅客更安心。
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