總統民選之後，駐日代表不乏政治任命，謝長廷以民進黨大老之姿接任，卻因為行事風格、針砭國內政治，又不能解決台日爭端，反而給蔡政府帶來麻煩、也讓日方傳出不滿聲音，歷屆代表中，罕見出現兩面不討好的情況。
然而蔡政府上台後，除了把亞東關係協會改名、簽署主管機關協定之外，幾乎沒有實質進展，甚至日本跟大陸關係升溫之際，我們反而陷入沖之鳥爭議無解、核食問題被日本拿來當進入CPTPP籌碼的困境。
輔大日本研究中心主任何思慎：「對日本來講，他現在不用對台灣，釋出什麼樣的利多，反而現在日本可以暫時先把台灣放下來，這個不是牛棚的問題，我認為是總教練的問題。」
矛頭指向蔡總統的政策，而駐日代表謝長廷也陷入信任危機，雖然他經常走訪日本各地，但無法對重大決策做決定，另外，他在國慶日放蔡總統肖像、選舉期間返台助選，都違背「專業外交官」應有表現，還有該低調時不低調，對日熟稔的前官員就說，這都違反日本人對「專業」的重視，讓日方對他有不少怨言。
輔大日本研究中心主任何思慎：「對國內政治他經常會指點是非，甚至選舉期間自己下來輔選，駐外大使工作上我們比較不會看到謝大使的作為。」
這是政治任命、對專業外交官的尊重不足，如今踩到地雷，得力人選反而成了阻力。
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